Thesis

1. Gaëtan Desrues. Personalised 3D electromechanical models of the heart for cardiac resynchronisation therapy planning in heart failure patients. Theses, Université Côte d'Azur, March 2023. Keyword(s): Patient-specific simulation, Digital twin, ECG, CRT, Cardiac electrophysiology, Biomechanics, Finite element method, Artificial intelligence, Simulation personnalisée, Jumeau numérique, ECG, CRT, Électrophysiologie cardiaque, Biomécanique, Méthode des éléments finis, Intelligence artificielle. [bibtex-entry]



2. Yann Fraboni. Reliability and robustness of federated learning in practical applications. Theses, Université Côte d'Azur, May 2023. Keyword(s): Federated learning, Heterogeneous data, Privacy, Distributed optimization, Bias, Apprentissage fédéré, Données hétérogènes, Protection des données, Optimisation distribuée, Biais. [bibtex-entry]



3. Dimitri Hamzaoui. AI-based diagnosis of prostate cancer from multiparametric MRI. Theses, Université Côte d'Azur, June 2023. Keyword(s): Machine learning, Prostate-cancer, Inter-expert variability, Segmentation, Consensus, Medical imaging, Artificial intelligence, Apprentissage profond, Prostate-cancer, Variabilité inter-expert, Segmentation, Consensus, Imagerie médicale, Intelligence artificielle. [bibtex-entry]



4. Etrit Haxholli. Scalable and flexible density estimation for complex data distributions. Theses, Université Côte d'Azur, October 2023. Keyword(s): Density estimation, Normalizing flows, Diffusion models, Extreme value theorie, Tail modelling, Loss function distributions, Peaks-over-threshold, Cross-tail-estimation, Estimation de la densité, Flux de normalisation, Modèles de diffusion, Théorie des valeurs extrêmes, Modélisation de la queue, Distributions de la fonction de perte, Pics-au-dessus-du-seuil, Estimation de la queue croisée. [bibtex-entry]



5. Victoriya Kashtanova. Learning cardiac electrophysiology dynamics with PDE-based physiological constraints for data-driven personalised predictions. Theses, Université Côte d'Azur, June 2023. Keyword(s): Physics-based learning, Deep learning, Cardiac electrophysiology, Model personalisation, PDE, Simulations, Apprentissage basé sur la physique, Apprentissage profond, Electrophysiologie cardiaque, Personnalisation de modèle, EDP, Simulations. [bibtex-entry]



6. Elodie Maignant. Barycentric embeddings for geometric manifold learning : with application to shapes and graphs. Theses, Université Côte d'Azur, December 2023. Keyword(s): Geometric learning, Riemannian and barycentric geometry, Manifold learning, Quotient manifolds, Kendall shape spaces, Statistical graph analysis, Apprentissage géométrique, Géométrie riemannienne et barycentrique, Apprentissage de variétés, Variétés quotient, Espaces de formes de Kendall, Analyse statistique de graphes. [bibtex-entry]



7. Morten Akhoj Pedersen. Riemannian and sub-Riemannian methods for dimension reduction. Theses, INRIA Sophia-Antipolis ; University of Copenhagen, November 2023. Keyword(s): Differential geometry, Riemannian geometry, Sub-Riemannian geometry, Geometric statistics, Mathematical statistics, Machine learning, Statistiques géométriques, Géométrie différentielle, Géométrie Riemannienne, Géométrie sous-Riemannienne, Statistique mathématique, Apprentissage automatique. [bibtex-entry]



8. Santiago Smith Silva Rincon. Federated Learning of Biomedical Data in Multicentric Imaging Studies. Theses, UCA, Inria, July 2023. Keyword(s): federated learning, healthcare, data protection, GDPR, CCPA, medical imaging, data harmonization, meta-analysis, mega-analysis, Fed-BioMed, Bayesian optimization, random effect models, FedComBat, apprentissage fédéré, santé, protection des données, RGPD, CCPA, imagerie médicale, harmonisation des données, méta-analyse, méganalyse, Fed-BioMed, optimisation bayésienne, modèles à effets aléatoires, FedComBat. [bibtex-entry]



9. Paul Tourniaire. AI-based selection of imaging and biological markers predictive of therapy response in lung cancer. Theses, Université Côte d'Azur, June 2023. Keyword(s): Digital pathology, Multiple instance learning, Mixed supervision, Deep learning, Survival analysis, Lung cancer, Immunotherapy, Histopathologie numérique, Apprentissage multi-instance, Supervision mélangée, Apprentissage profond, Analyse de survie, Cancer du poumon, Immunothérapie. [bibtex-entry]



10. Yingyu Yang. Automatic analysis of cardiac function with artificial intelligence : multimodal approach for portable echocardiographic devices. Theses, Université Côte d'Azur, December 2023. Keyword(s): Cardiac function analysis, Deep learning, Echocardiography segmentation, Echocardiography motion tracking, Electrocardiogram decomposition, Multi-modal learning, Deep learning with uncertainty, Analyse de la fonction cardiaque, Apprentissage profond, Segmentation de l'échocardiographie, Suivi du mouvement en échocardiographie, Décomposition de l'électrocardiogramme, Apprentissage multimodal, Apprentissage profond avec incertitude. [bibtex-entry]

1. Hind Dadoun. AI-based analysis of abdominal ultrasound images to support medical diagnosis. Theses, Université Côte d'Azur, December 2022. Keyword(s): Ultrasound imaging, Bayesian learning, Object detection, Self-supervised learning, Semi-supervised learning, Natural language processing, Imagerie ultrasonore, Apprentissage bayésien, Détection d'objets, Apprentissage auto-supervisé, Apprentissage semi-supervisé, Traitement du langage naturel. [bibtex-entry]



2. Florent Jousse. Statistical modeling of face morphology for dermatology and plastic surgery. Theses, Université Côte d'Azur, September 2022. Keyword(s): Statistical shape modeling, Shape registration, Face modeling, Geodesic kernel, Disentangled learning, Partial least squares, Modélisation statistique de forme, Recalage de formes, Modélisation du visage, Noyau géodésique, Démêlage de représentations, Moindres carrés partiels. [bibtex-entry]



3. Buntheng Ly. Deep learning on large clinical databases for image-based predictions of cardiac arrhythmias. Theses, Université Côte d'Azur, December 2022. Keyword(s): Cardiac arrhythmia, Artificial intelligence, Explainable learning, Cardiac imaging, Multi-modality, Arythmie cardiaque, Intelligence artificielle, Modèle explicable, Imagerie cardiaque, Multi-modalité. [bibtex-entry]



4. Yann Thanwerdas. Riemannian and stratified geometries on covariance and correlation matrices. Theses, Université Côte d'Azur, May 2022. Keyword(s): Riemannian geometry, Covariance matrices, Correlation matrices, Families of metrics, Geodesics, Stratified spaces, Géométrie riemannienne, Matrices de covariance, Matrices de corrélation, Familles de métriques, Géodésiques, Espaces stratifiés. [bibtex-entry]

1. Clément Abi Nader. Modelling and simulating the progression of Alzheimer's disease through the analysis of multi-modal neuroimages and clinical data. Theses, Université Côte d'Azur, June 2021. Keyword(s): Alzheimer's disease, Clinical trials, Magnetic resonance imaging, Positron emission tomography, Machine learning, Gaussian processes, Variational autoencoder, Dynamical systems, Maladie d'Alzheimer, Essais cliniques, Imagerie par résonance magnétique, Tomographie par émission de positons, Apprentissage automatique, Processus gaussiens, Auto-encodeur variationnel, Systèmes dynamiques. [bibtex-entry]



2. Luigi Antelmi. Statistical learning on heterogeneous medical data with bayesian latent variable models : application to neuroimaging dementia studies. Theses, Université Côte d'Azur, July 2021. Keyword(s): Alzheimer's disease, Neuro-imaging, Magnetic resonance imaging, Positron emission tomography, Variational autoencoder, Multi-task learning, High dimensional data, Maladie d'Alzheimer, Neuro-imagerie, Imagerie par résonnance magnétique, Tomographie par émission de positrons, Auto-encodeur variationnel, Apprentissage multi-tâche, Données de haute dimension, Données multimodales. [bibtex-entry]



3. Benoît Audelan. Probabilistic segmentation modelling and deep learning-based lung cancer screening. Theses, Université Côte d'Azur, July 2021. Keyword(s): Medical imaging, Image segmentation, Artificial intelligence, Machine learning, Deep learning, Lung cancer, Imagerie médicale, Segmentation d'images, Intelligence artificielle, Apprentissage artificiel, Apprentissage profond, Cancer du poumon. [bibtex-entry]



4. Tania Bacoyannis. Deep probabilistic generative model for the inverse problem of electrocardiography. Theses, Université Côte d'Azur, December 2021. Keyword(s): Cardiac activation, Computational modelling, Data processing, Deep learning, Electrocardiography, Generative model, Inverse problem, Activation cardiaque, Apprentissage profond, Électrocardiographique, Modélisation numérique, Modèle génératif, Problème inverse, Traitement de données. [bibtex-entry]



5. Jaume Banus. Heart & Brain. Linking cardiovascular pathologies and neurodegeneration with a combined biophysical and statistical methodology. Theses, Université Côte d'Azur, May 2021. Keyword(s): Medical imaging, Cardiovascular modelling, Neurodegeneration, Lumped models, Machine learning, Variational autoencoder, Gaussian process, Personalisation, Imagerie médicale, Modélisation cardiovasculaire, Neurodégénérescence, Modèles regroupés, Apprentissage automatique, Autoencodeur variationnel, Processus Gaussien, Personnalisation. [bibtex-entry]



6. Nicolas Guigui. Computational methods for statistical estimation on Riemannian manifolds and application to the study of the cardiac deformations. Theses, Université Côte d'Azur, November 2021. Keyword(s): Differential geometry, Computational anatomy, Geometric statistics, Géométrie différentielle, Anatomie computationnelle, Statistiques géométriques. [bibtex-entry]



7. Zihao Wang. Deep generative learning for medical data processing, analysis and modeling : application to cochlea CT imaging. Theses, Université Côte d'Azur, September 2021. Keyword(s): Generative learning, Bayesian learning, Stochastic flow, Deep learing, Generative learning, Apprentissage génératif, Apprentissage bayésien, Flux stochastique, Apprentissage profond, Apprentissage génératif. [bibtex-entry]

1. Nicolas Cedilnik. Image-based Personalised Models of Cardiac Electrophysiology for Ventricular Tachycardia Therapy Planning. Theses, Université Côte d'Azur, December 2020. Keyword(s): Ventricular tachycardia, Model personalisation, Cardiac electrophysiology, Computed tomography, Tachycardie ventriculaire, Personnalisation de modèles, Électrophysiologie cardiaque, Imagerie tomodensitométrique. [bibtex-entry]



2. Julian Krebs. Robust medical image registration and motion modeling based on machine learning. Theses, Université Côte d'Azur, June 2020. Keyword(s): Medical Image Registration, Motion Modeling, Machine Learning, Varitiaonal Autoencoder, Sudden Cardiac Death Risk, Recalage d'images médicales, Modélisation du mouvement, Apprentissage profond. [bibtex-entry]



3. Marco Lorenzi. Modelling pathological processes from heterogeneous and high-dimensional biomedical data. Habilitation à diriger des recherches, UCA, January 2020. Keyword(s): statistical learning, medical imaging, brain, machine learning, Alzheimer's disease, federated learning, genetics, apprentissage statistique, imageie medicale, cerveau, apprentissage par ordinateurs, maladie d'Alzheimer, apprentissge féderé genetics. [bibtex-entry]



4. Wen Wei. Learning brain alterations in multiple sclerosis from multimodal neuroimaging data. Theses, Université Côte d'Azur, June 2020. Keyword(s): Multiple Sclerosis, PET Imaging, MR Imaging, Brain Alterations, Deep Learning, Convolutional Neural Networks (CNN), Generative Adversarial Network (GAN), Image Synthesis, Missing MRI Sequences, Missing Modalities, Sclérose en Plaques, TEP, IRM, Altérations cérébrales, Apprentissage en profondeur, Réseau de Neurones Convolutifs (CNN), Réseaux Antagonistes Génératifs (GAN), Synthèse d'images, Séquences IRM Manquantes, Modalités Manquantes. [bibtex-entry]

1. Shuman Jia. Population-based models of shape, structure, and deformation in atrial fibrillation. Theses, COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019), December 2019. Keyword(s): Cardiac image analysis, Atrial fibrillation, Segmentation, Fat, Statistical shape analysis, Parallel transport, Analyse d'images cardiaques, Fibrillation auriculaire, Segmentation, Graisse, Analyse statistique des formes, Transport parallèle. [bibtex-entry]



2. Pawel Mlynarski. Deep learning for segmentation of brain tumors and organs at risk in radiotherapy planning. Theses, COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019), November 2019. Keyword(s): Convolutional Neural Networks, Semi-supervised learning, MRI, Radiotherapy, Brain tumor, Organs at risk, Réseau neuronal convolutif, Apprentissage semi-supervisé, IRM, Radiothérapie, Tumeur cérébrale, Organes à risque. [bibtex-entry]



3. Raphaël Sivera. Modeling and measuring the brain morphological evolution using structural MRI in the context of neurodegenerative diseases. Theses, COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019), November 2019. Keyword(s): Multivariate statistical analysis, Longitudinal models, Morphometry, Aging, Alzheimer's disease, MRI, Vieillissement, Maladie d'Alzheimer, IRM, Modèles longitudinaux, Statistiques multivariées, Morphométrie. [bibtex-entry]



4. Qiao Zheng. Deep learning for robust segmentation and explainable analysis of 3d and dynamic cardiac images. Theses, COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019), March 2019. Keyword(s): Cine MRI, Cardiac analysis, Cardiac segmentation, Deep learning, Apprentissage profond, Segmentation cardiaque, Analyse cardiaque, Ciné-IRM. [bibtex-entry]

1. Pamela Moceri. From normal right ventricle to pathology : shape and function analysis with different loading conditions using imaging and modelling. Theses, Université Côte d'Azur, January 2018. Keyword(s): Medical imaging, Echocardiography, Strain imaging, Right ventricle, Modélisation, Échocardiographie, Imagerie médicale, Fonction ventriculaire droite. [bibtex-entry]

1. Thomas Demarcy. Segmentation and study of anatomical variability of the cochlea from medical images. Theses, Université Côte d'Azur, July 2017. Keyword(s): Shape model, Shape variability, Segmentation, Cochlea, Cochlée, Segmentation, Modèle de forme, Variabilité anatomique. [bibtex-entry]



2. Loïc Devilliers. Consistency of statistics in infinite dimensional quotient spaces. Theses, Université Côte d'Azur, November 2017. Keyword(s): Quotient space, Template estimation, Frechet mean, Espace quotient, Estimation de template, Moyenne de Fréchet. [bibtex-entry]



3. Sophie Giffard-Roisin. Non-invasive Personalisation of Cardiac Electrophysiological Models from Surface Electrograms. Theses, Université côte d'azur, December 2017. Keyword(s): ECG Imaging, Personalisation, Cardiac Electrophysiology Model, Machine learning, Simulated database, Inverse problem, Imagerie ECG, Personnalisation, Modèle electrophysiologique cardique, Apprentissage machine, Base de données simulée, Problème inverse. [bibtex-entry]



4. Roch Molléro. Robust personalisation of 3D electromechanical cardiac models. Application to heterogeneous and longitudinal clinical databases. Theses, COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019), December 2017. Keyword(s): Cardiax modelling, Parameter estimation, Multifidelity methods, Prior probabilities, Modélisation cardiaque, Estimation de paramètres, Méthodes multi-échelles, Probabilités a priori. [bibtex-entry]



5. Marc-Michel Rohé. Reduced representation of segmentation and tracking in cardiac images for group-wise longitudinal analysis. Theses, Université Côte d'Azur, July 2017. Keyword(s): Medical image analysis, Non-rigid registration, Deep learning, Statistical model reduction, Longitudinal analysis, Analyse d'images médicales, Analyse longitudinale, Réduction statistique de modèle, Apprentissage profond, Recalage non-rigide. [bibtex-entry]

1. Mehdi Hadj-Hamou. Beyond volumetry in longitudinal deformation-based morphometry : application to sexual dimorphism during adolescence. Theses, Université Côte d'Azur, December 2016. Keyword(s): Longitudinal images, Evaluation, Volumetric methods, Processing pipeline, Non-rigid registration, Sexual dimorphism, Group comparison, Multivariate statistics, Images longitudinales, Évaluation, Statistiques multivariées, Comparaison de groupe, Dimorphisme sexuel, Chaîne de traitement, Recalage non-linéaire, Méthodes pour la volumétrie. [bibtex-entry]



2. Bishesh Khanal. Modeling and simulation of realistic longitudinal structural brain MRIs with atrophy in Alzheimer's disease. Theses, Université Nice Sophia Antipolis, July 2016. Keyword(s): Neurodegeneration, Alzheimer's disease, Biophysical modelling, Simulation of atrophy, Longitudinal MRIs simulation, Biomechanical simulation, Synthetic longitudinal images, Neurodégénérescence, Maladie d'Alzheimer, Modélisation biophysique, Simulation de l'atrophie, Simulation d'IRM longitudinale, Simulation biomécanique, Images longitudinales synthétiques. [bibtex-entry]



3. Matthieu Lê. Brain tumor growth modeling : application to radiotherapy. Theses, Université Nice Sophia Antipolis, June 2016. Keyword(s): Medical imaging, Biophysical model, Personalization, Radiotherapy, Segmentation, Uncertainty, Imagerie médicale, Modèle biophysique, Personnalisation, Radiothérapie, Segmentation, Incertitude. [bibtex-entry]



4. Nina Miolane. Geometric statistics for computational anatomy. Theses, Université Côte d'Azur, December 2016. Keyword(s): Anatomy, Statistics, Geometry, Medical imaging, Imagerie médicale, Anatomie, Géométrie, Statistiques. [bibtex-entry]



5. Maxime Sermesant. When Cardiac Biophysics Meets Groupwise Statistics: Complementary Modelling Approaches for Patient-Specific Medicine. Habilitation à diriger des recherches, Université de Nice - Sophia Antipolis, June 2016. Keyword(s): cardiac modelling, biophysics, statistics, machine learning, modélisation cardiaque. [bibtex-entry]



6. Anant Suraj Vemuri. Inter-operative biopsy site relocalization in gastroscopy : application to oesophagus. Theses, Université Nice Sophia Antipolis, April 2016. Keyword(s): Gastro-intestinal endoscopy, Inter-operative relocalization, Electromagnetic tracking, Endoscopie gastro-intestinale, Relocalisation préopératoire, Suivi électromagnétique. [bibtex-entry]

1. Chloé Audigier. Computational modeling of radiofrequency ablation for the planning and guidance of abdominal tumor treatment. Theses, Université Nice Sophia Antipolis, October 2015. Keyword(s): RFA Modeling, Liver, Patient-Specific, Heat transfer, Cellular necrosis, Computational fluid dynamics, Computer model, Lattice Boltzmann method, Parameter estimation, Pre-clinical study, Medical imaging, Modélisation d'ARF, Foie, Personnalisation, Diffusion de la chaleur, Nécrose cellulaire, Mécanique des fluides, Modèle informatique, Méthode de Lattice Boltzmann, Estimation de paramètres, Étude préclinique, Imagerie médicale. [bibtex-entry]



2. Thomas Benseghir. Topology Preserving Vascular Registration: Application to Percutaneous Coronary Intervention. Theses, Université de Nice-Sophia Antipolis, July 2015. Keyword(s): 3D/2D Registration, Coronary Arteries, Recalage 3D/2D, Artères Coronaires. [bibtex-entry]



3. Rocìo Cabrera Lozoya. Radiofrequency ablation planning for cardiac arrhythmia treatment using modeling and machine learning approaches. Theses, Université Nice Sophia Antipolis, September 2015. Keyword(s): Cardiac electrophysiology modeling, Intracardiac electrogram modeling, Machine learning, Radiofrequency ablation planning, Electroanatomical mapping, Local abnormal ventricular activities (LAVA), Modélisation de l'électrophysiologie cardiaque, Modélisation d'électrogrammes intracardiaques, Apprentissage automatique, Planification d'ablation par radiofréquence, Activités ventriculaires anormales locales LAVA. [bibtex-entry]



4. Nicolas Cordier. Multi-atlas patch-based segmentation and synthesis of brain tumor MR images. Theses, Université Nice Sophia Antipolis, December 2015. Keyword(s): Patch-based, Multi-atlas, Glioma, Segmentation, Probabilistic generative model, Medical image simulation, Modality synthesis, Appariement de blocs de voxels, Multi-atlas, Gliome, Segmentation, Modèle génératif probabiliste, Simulation d'image médicale, Synthèse de modalité. [bibtex-entry]



5. Vikash Gupta. Diffusion tensor imaging of the brain : towards quantitative clinical tools. Theses, Université Nice Sophia Antipolis, March 2015. Keyword(s): Clinical DTI, Multimodal brain atlas, Population based statistical analysis, HIV, DTI clinique, Super-résolution, Multimodales atlas du cerveau, Analyse statistique basée sur la population, VIH. [bibtex-entry]



6. Loïc Le Folgoc. Statistical learning for image-based personalization of cardiac models. Theses, Université Nice Sophia Antipolis, November 2015. Keyword(s): Inverse problem, Cardiac motion tracking, Non-rigid registration, Structured sparse bayesian learning, Automatic relevance determination, Suivi de mouvement cardiaque, Problème inverse, Modélisation bayésienne parcimonieuse structurée, Recalage non-rigide, Détermination automatique, MCMC. [bibtex-entry]



7. Jan Margeta. Machine Learning for Simplifying the Use of Cardiac Image Databases. Theses, Ecole Nationale Supérieure des Mines de Paris, December 2015. [bibtex-entry]

1. Erin Stretton. Simulation of patient-specific glioma models for therapy planning. Theses, Ecole Nationale Supérieure des Mines de Paris, November 2014. Keyword(s): Brain Tumor Modeling, Glioma Modeling, Computer Model, Medical Imaging, Patient-Specific, Ficher Kolmogorov Model, Modélisation de Tumeur Cérébrale, Patient-Spécifique, Imagerie Médicale, Modèle de Fisher Kolmogorov, Modèlisation numérique, Modélisation de Gliome. [bibtex-entry]



2. Hugo Talbot. Interactive Patient-Specific Simulation of Cardiac Electrophysiology. Theses, Université des Sciences et Technologies de Lille, July 2014. Keyword(s): Cardiac Electrophysiology Modeling, Real-Time Simulation, Arrhythmia Modeling, Cardiac Electromechanics, Nonlinear Optimisation, Model Personalization, Endovascular Navigation, Training Simulation, Radio- Frequency Ablation Planning, SOFA Framework, Modélisation de l'Électrophysiologie Cardiaque, Simulation Temps-Réel, Modélisation d'Arythmie, Électromécanique Cardiaque, Optimisation Non-linéaire, Personnalisation de Modèle, Navigation Endovasculaire, Simulation d'Entrainement, Ablation Radio-Fréquence, Planning d'Ablation, Framework de Simulation SOFA. [bibtex-entry]

1. Marine Breuilly. Small animal 4D SPECT imaging : assessment of respiratory motion and iodide biodistribution. Theses, Université Nice Sophia Antipolis, November 2013. Keyword(s): Compartmental analysis, Small animal, Dynamic images, Respiratory motion, Respiratory gating, 99mTc-pertechnetate biodistribution, SPECT, Analyse compartimentale, Biodistribution du 99mTc-pertechnétate, Synchronisation respiratoire, Mouvement respiratoire, Images dynamiques, Petit animal, TEMP. [bibtex-entry]



2. Ezequiel Geremia. Spatial random forests for brain lesions segmentation in MRIs and model-based tumor cell extrapolation. Theses, Université Nice Sophia Antipolis, January 2013. Keyword(s): MRI, Segmentation, Regression, Random forests, Multiple sclerosis, Gliomas, Cell density, IRM, Forêts aléatoires, Sclérose en plaques, Gliomes, Densité cellulaire. [bibtex-entry]



3. Stephanie Marchesseau. Simulation de modèles personnalisés du coeur pour la prédiction de thérapies cardiaques. Theses, Ecole Nationale Supérieure des Mines de Paris, January 2013. Keyword(s): Cardiac modeling, Cardiac mechanics, Computer model, Medical imaging, Patient-specific, Specificity analysis, Modélisation Cardiaque, Mécanique Cardiaque, Modèle Informatique, Imagerie Médicale, Personnalisation, Etude de Spécificité. [bibtex-entry]



4. Kristin Mcleod. Reduced-order statistical models of cardiac growth, motion and blood flow : application to the tetralogy of Fallot heart. Theses, Université Nice Sophia Antipolis, November 2013. Keyword(s): Tetralogy of Fallot, Statistical model reduction, Non-rigid registration, Medical image analysis, Analyse d'images médicales, Recalage, Modèles statistiques réduits, Tétralogie de Fallot. [bibtex-entry]



5. Adityo Prakosa. Analysis and simulation of multimodal cardiac images to study the heart function. Theses, Université Nice Sophia Antipolis, January 2013. Keyword(s): Cardiac motion tracking, Synthetic cardiac sequences, Cardiac inverse electro-kinematic learning, Suivi de mouvement cardiaque, Simulation de séquences synthétiques d'images cardiaque, Problème inverse du couplage électro-cinématique. [bibtex-entry]

1. Marco Lorenzi. Deformation-based morphometry of the brain for the development of surrogate markers in Alzheimer's disease. Ph.D. Thesis, University of Nice Sophia Antipolis, December 2012. [bibtex-entry]



2. Jatin Relan. Personalised Electrophysiological Models of Ventricular Tachycardia for Radio Frequency Ablation Therapy Planning. Ph.D. Thesis, Ecole Nationale Supérieure des Mines de Paris, June 2012. [bibtex-entry]



3. Christof Seiler. Trees on Geometrical Deformations to Model the Statistical Variability of Organs in Medical Images. Ph.D. Thesis, University of Nice Sophia Antipolis and University of Bern, September 2012. [bibtex-entry]



4. Nicolas Toussaint. Curvilinear Analysis and Approximation of Cardiac DTI In-Vivo. PhD Thesis, King's College London, July 2012. [bibtex-entry]

1. Barbara André. Smart Atlas for Endomicroscopy Diagnosis Support: A Clinical Application of Content-Based Image Retrieval. Ph.D. Thesis, Ecole Nationale Supérieure des Mines de Paris, October 2011. [bibtex-entry]



2. François Chung. Regional appearance modeling for deformable model-based image segmentation. Ph.D. Thesis, Ecole Nationale Supérieure des Mines de Paris, January 2011. [bibtex-entry]



3. Liliane Ramus. Conception et utilisation d'atlas anatomiques pour la segmentation automatique : application à la radiothérapie des cancers ORL. Thèse de sciences, Université de Nice Sophia Antipolis, Juillet 2011. [bibtex-entry]

1. Florence Billet. Assimilation de données images pour la personnalisation d'un modèle électromécanique du coeur. Thèse de sciences (PhD Thesis), Université Nice Sophia-Antipolis, July 2010. [bibtex-entry]



2. Stanley Durrleman. Statistical models of currents for measuring the variability of anatomical curves, surfaces and their evolution. Thèse de sciences (PhD Thesis), Université de Nice-Sophia Antipolis, March 2010. [bibtex-entry]



3. Romain Fernandez. Reconstruction tridimensionnelle et suivi de lignées cellulaires à partir d'images de microscopie laser : application à des tissus végétaux. Thèse de sciences, Université Montpellier 2, November 2010. [bibtex-entry]



4. Heike Hufnagel. A probabilistic framework for point-based shape modeling in medical image analysis. PhD Thesis, University of Lübeck, July 2010. [bibtex-entry]



5. Tommaso Mansi. Image-Based Physiological and Statistical Models of the Heart, Application to Tetralogy of Fallot. Thèse de sciences (PhD Thesis), Ecole Nationale Supérieure des Mines de Paris, September 2010. [bibtex-entry]

1. Ender Konukoglu. Modeling Glioma Growth and Personalizing Growth Models in Medical Images. PhD Thesis, Université Nice Sophia-Antipolis, February 2009. [bibtex-entry]



2. Jean-Marc Peyrat. Comparison of Cardiac Anatomy and Function: Statistics on Fibre Architecture from DT-MRI and Registration of 4D CT Images. PhD Thesis, Nice Sophia Antipolis University, November 2009. [bibtex-entry]



3. Jean-Christophe Souplet. Évaluation de l'atrophie et de la charge lésionnelle sur des séquences IRM de patients atteints de sclérose en plaques. Thèse de sciences (PhD Thesis), Université de Nice -- Sophia-Antipolis, January 2009. [bibtex-entry]

1. Jonathan Boisvert. Modèles de la variabilité géométrique du rachis scoliotique. PhD thesis, Université de Nice-Sophia Antipolis (France) and École Polytechnique de Montréal (Canada), March 2008. [bibtex-entry]



2. Jimena Costa. Segmentation of Anatomical Structures of the Lower Abdomen using 3D Deformable Models. PhD Thesis, École Nationale Supérieure des Mines de Paris, March 2008. [bibtex-entry]



3. Pierre Fillard. Riemannian Processing of Tensors for Diffusion MRI and Computational Anatomy of the Brain. PhD Thesis, University of Nice-Sophia Antipolis, February 2008. [bibtex-entry]



4. Tom Vercauteren. Image Registration and Mosaicing for Dynamic In Vivo Fibered Confocal Microscopy. PhD Thesis, École Nationale Supérieure des Mines de Paris, January 2008. [bibtex-entry]

1. Arnaud Charnoz. Recalage d'organes intra-patient à partir de l'étude de leur réseau vasculaire : application au foie. PhD thesis, Université Louis Pasteur, Strasbourg, 2007. [bibtex-entry]



2. Olivier Commowick. Création et Utilisation d'Atlas Anatomiques Numériques pour la Radiothérapie (Design and Use of Anatomical Atlases for Radiotherapy). Thèse de sciences (PhD Thesis), Université de Nice -- Sophia-Antipolis, February 2007. [bibtex-entry]



3. Tristan Glatard. Description, deployment and optimization of medical image analysis workflows on production grids. Thèse de sciences (PhD Thesis), Université de Nice -- Sophia-Antipolis, November 2007. [bibtex-entry]

1. Vincent Arsigny. Processing Data in Lie Groups: An Algebraic Approach. Application to Non-Linear Registration and Diffusion Tensor MRI. Thèse de sciences (PhD Thesis), École polytechnique, November 2006. Keyword(s): DT-MRI, Tensors, Riemannian geometry, Lie groups, interpolation, Log-Euclidean metrics, Polyaffine transformations, Diffeomorphisms, Non-rigid registration, Multi-affine registration, Magnetic Resonance Imaging, Bi-invariant means, Fréchet means, Statistics. [bibtex-entry]



2. Olivier Clatz. Modèles biomécaniques et physio-pathologiques pour l'analyse d'images cérébrales. Thèse de sciences, École des Mines de Paris, February 2006. [bibtex-entry]



3. Hervé Delingette. Modélisation de structures déformables. Habilitation à diriger des recherches, Université Nice Sophia-Antipolis, March 2006. [bibtex-entry]



4. Guillaume Dugas-Phocion. Segmentation d'IRM Cérébrales Multi-Séquences et Application à la Sclérose en Plaques. Thèse de sciences, École des Mines de Paris, March 2006. [bibtex-entry]



5. Grégoire Malandain. Les mesures de similarité pour le recalage des images médicales. Habilitation à diriger des recherches, Université Nice Sophia-Antipolis, March 2006. [bibtex-entry]



6. Xavier Pennec. Statistical Computing on Manifolds for Computational Anatomy. Habilitation à diriger des recherches, Université Nice Sophia-Antipolis, December 2006. Keyword(s): Tensors, regularization, PDE, geometry, Riemannian geometry, Registration, statistics, manifolds. [bibtex-entry]

1. Julien Dauguet. L'imagerie post mortem tridimensionnelle cérébrale : constitution et apport pour l'analyse conjointe de données histologiques anatomo-fonctionnelles et la mise en correspondance avec l'imagerie in vivo. PhD thesis, École Centrale de Paris, June 2005. [bibtex-entry]



2. Céline Fouard. Extraction de paramètres morphométriques pour l'étude du réseau micro-vasculaire cérébral. Thèse de sciences, Université de Nice -- Sophia-Antipolis, January 2005. [bibtex-entry]



3. Valérie Moreau-Villéger. Méthodes variationnelles et séquentielles pour l'étude de la contraction cardiaque. Thèse de sciences, Université de Nice Sophia-Antipolis, 2005. [bibtex-entry]



4. Mauricio A. Reyes. Respiratory Motion Compensation in Emission Tomography. Thèse de sciences, Université de Nice Sophia-Antipolis, December 2005. [bibtex-entry]



5. Radu Stefanescu. Parallel nonlinear registration of medical images with a priori information on anatomy and pathology. Thèse de sciences, Université de Nice -- Sophia-Antipolis, March 2005. [bibtex-entry]

1. Christophe Blondel. Modélisation 3D et 3D+t des artères coronaires à partir de séquences rotationnelles de projections rayons X. Thèse de sciences, Université de Nice Sophia Antipolis, mars 2004. [bibtex-entry]



2. Pierre-Yves Bondiau. Mise en oeuvre et évaluation d'outils de fusion d'image en radiothérapie. Thèse de sciences, Université de Nice-Sophia Antipolis, November 2004. [bibtex-entry]



3. Guillaume Flandin. Utilisation d'informations géométriques pour l'analyse statistique des données d'IRM fonctionnelle. PhD thesis, Université de Nice-Sophia Antipolis, April 2004. [bibtex-entry]



4. Stéphane Nicolau. Un système de réalité augmentée pour guider les opérations du foie en radiologie interventionnelle. PhD thesis, Université de Nice-Sophia Antipolis, November 2004. [bibtex-entry]

1. Clément Forest. Simulation de chirurgie par coelioscopie : contributions à l'étude de la découpe volumique, au retour d'effort et à la modélisation des vaisseaux sanguins. PhD thesis, École Polytechnique, March 2003. [bibtex-entry]



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