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ANR Diamond
Déconvolution d'Images Augmentées en Microscopie Optique N Dimensions
Résumé :
L'objectif de cette ANR est l'étude exhaustive (du signal à l'information) de deux nouvelles techniques d'imagerie optique : la microscopie tomographique et la macroscopie confocale. Le développement de méthodes de déconvolution performantes et faciles d'utilisation en recherche biologique et médicale, contribuera grandement à améliorer la qualité des images microscopiques et leur interprétation, et conduira ainsi à une meilleure compréhension du fonctionnement des organismes vivants. Le macroscope confocal a récemment été commercialisé (Leica) et commence à être utilisé par des plates-formes d'imagerie biologique. Cet instrument permet d'obtenir une image de grands échantillons en trois dimensions et dans le temps (films 3D). Le microscope tomographique diffractif (en combinaison avec la fluorescence) fournit des informations quantitatives sur l'indice optique complexe du spécimen observé. Dans une première phase, une modélisation des systèmes (conception d'échantillons, acquisition d'images, modélisation de la PSF) sera réalisée. Ensuite, nous proposons de mettre en place des méthodes évoluées de traitement d'images afin de restaurer les images observées : on se servira de la carte des indices de réfraction et de la dimension temps, pour améliorer respectivement la déconvolution en microscopie de fluorescence-tomographique et en macroscopie, en s'appuyant sur de récentes avancées méthodologiques pour la résolution des problèmes inverses. Les algorithmes proposés regrouperont les méthodes de déconvolution aveugle et non aveugle. Par ailleurs, le volume de données à traiter étant conséquent, on sera particulièrement attentif à la programmation des algorithmes proposés. L'évaluation des résultats obtenus se fera de manière automatique via des mesures numériques (analyse quantitative), mais sera également effectuée de façon visuelle par des professionnels de la microscopie optique (analyse qualitative). La valorisation se fera d'une part sous forme de publications, et d'autre part sous forme de logiciels libres pour une partie des résultats et pour l'autre partie, sous forme de logiciels commercialement exploitables, pour lesquels les partenaires se rapprocheront d'un industriel du domaine dans la dernière phase du projet. |
Participants :
Informations complémentaires :
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