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Publications sur Deconvolution
Résultat de la recherche dans la liste des publications :
Article |
1 - Richardson-Lucy Algorithm with Total Variation Regularization for 3D Confocal Microscope Deconvolution.
N. Dey et L. Blanc-Féraud et C. Zimmer et Z. Kam et P. Roux et J.C. Olivo-Marin et J. Zerubia. Microscopy Research Technique, 69: pages 260-266, avril 2006.
Mots-clés : Microscopie confocale, Methodes variationnelles, Variation totale, Deconvolution.
@ARTICLE{dey_mrt_05,
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| author |
= |
{Dey, N. and Blanc-Féraud, L. and Zimmer, C. and Kam, Z. and Roux, P. and Olivo-Marin, J.C. and Zerubia, J.}, |
| title |
= |
{Richardson-Lucy Algorithm with Total Variation Regularization for 3D Confocal Microscope Deconvolution}, |
| year |
= |
{2006}, |
| month |
= |
{avril}, |
| journal |
= |
{Microscopy Research Technique}, |
| volume |
= |
{69}, |
| pages |
= |
{260-266}, |
| url |
= |
{http://dx.doi.org/10.1002/jemt.20294}, |
| keyword |
= |
{Microscopie confocale, Methodes variationnelles, Variation totale, Deconvolution} |
| } |
Abstract :
Confocal laser scanning microscopy is a powerful and popular technique for 3D imaging of biological specimens. Although confocal microscopy images are much sharper than standard epifluorescence ones, they are still degraded by residual out-of-focus light and by Poisson noise due to photon-limited
detection. Several deconvolution methods have been proposed to reduce these degradations, including the Richardson-Lucy iterative algorithm, which computes a maximum likelihood estimation adapted to Poisson statistics. As this algorithm tends to amplify noise, regularization constraints based on some prior knowledge on the data have to be applied to stabilize the solution. Here, we propose to combine the Richardson-Lucy algorithm with a regularization constraint based on Total Variation, which suppresses unstable oscillations while preserving object edges. We
show on simulated and real images that this constraint improves the deconvolution results as compared to the unregularized Richardson-Lucy algorithm, both visually and quantitatively. |
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Thèse de Doctorat et Habilitation |
1 - Détection de Filaments dans des images 2D et 3D; modélisation, étude mathématique et algorithmes..
A. Baudour. Thèse de Doctorat, Universite de Nice Sophia Antipolis, mai 2009.
Mots-clés : imagerie 3D, Segmentation, filaments, Deconvolution, Methodes variationnelles, mocroscopie confocale.
@PHDTHESIS{baudour2009,
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| author |
= |
{Baudour, A.}, |
| title |
= |
{Détection de Filaments dans des images 2D et 3D; modélisation, étude mathématique et algorithmes.}, |
| year |
= |
{2009}, |
| month |
= |
{mai}, |
| school |
= |
{Universite de Nice Sophia Antipolis}, |
| url |
= |
{https://hal.inria.fr/tel-00507520/}, |
| keyword |
= |
{imagerie 3D, Segmentation, filaments, Deconvolution, Methodes variationnelles, mocroscopie confocale} |
| } |
Résumé :
Cette thèse aborde le problème de la modélisation et de la détection des laments
dans des images 3D.
Nous avons développé des méthodes variationnelles pour quatre applications
spéci ques :
l'extraction de routes où nous avons introduit la notion de courbure totale
pour conserver les réseaux réguliers en tolérant les discontinuités de
direction.
la détection et la complétion de laments fortement bruités et présentant
des occultation. Nous avons utilisé la magnétostatique et la théorie
de Ginzburg-Landau pour représenter les laments comme ensemble de
singularités d'un champ vectoriel.
la détection de laments dans des images biologiques acquises en microscopie
confocale. On modélise les laments en tenant compte des spéci cité
de cette dernière. Les laments sont alors obtenus par une méthode de
maximum à posteriori.
la détection de cible dans des séquences d'images infrarouges. Dans cette
application, on cherche des trajectoires optimisant la diérence de luminosit
é moyenne entre la trajectoire et son voisinage en tenant compte des
capteurs utilisés.
Par ailleurs, nous avons démontré des résultats théoriques portant sur la
courbure totale et la convergence de la méthode d'Alouges associée aux systèmes
de Ginzburg-Landau. Ce travail réunit à la fois modélisation, résulats théoriques
et recherche d'algorithmes numériques performants permettant de traiter de
réelles applications. |
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5 Articles de conférence |
1 - Algorithme rapide pour la restauration d'image régularisée sur les coefficients d'ondelettes.
M. Carlavan et P. Weiss et L. Blanc-Féraud et J. Zerubia. Dans Proc. Symposium on Signal and Image Processing (GRETSI), Dijon, France, septembre 2009.
Mots-clés : Deconvolution, nesterov scheme, Ondelettes, l1 norm.
@INPROCEEDINGS{GRETSICarlavan09,
|
| author |
= |
{Carlavan, M. and Weiss, P. and Blanc-Féraud, L. and Zerubia, J.}, |
| title |
= |
{Algorithme rapide pour la restauration d'image régularisée sur les coefficients d'ondelettes}, |
| year |
= |
{2009}, |
| month |
= |
{septembre}, |
| booktitle |
= |
{Proc. Symposium on Signal and Image Processing (GRETSI)}, |
| address |
= |
{Dijon, France}, |
| url |
= |
{http://www.math.univ-toulouse.fr/~weiss/Publis/Conferences/CarlavanGretsi09.pdf}, |
| pdf |
= |
{http://www.math.univ-toulouse.fr/~weiss/Publis/Conferences/CarlavanGretsi09.pdf}, |
| keyword |
= |
{Deconvolution, nesterov scheme, Ondelettes, l1 norm} |
| } |
Résumé :
De nombreuses méthodes de restauration d'images consistent à minimiser une énergie convexe. Nous nous focalisons sur l'utilisation de ces méthodes et considérons la minimisation de deux critères contenant une norme l1 des coefficients en ondelettes. La plupart des travaux publiés récemment proposent un critère à minimiser dans le domaine des coefficients en ondelettes, utilisant ainsi un a priori de parcimonie. Nous proposons un algorithme rapide et des résultats de déconvolution par minimisation d'un critère dans le domaine image, avec un a priori de régularité exprimé dans le domaine image utilisant une décomposition redondante sur une trame. L'algorithme et le modèle proposés semblent originaux pour ce problème en traitement d'images et sont performants en terme de temps de calculs et de qualité de restauration. Nous montrons des comparaisons entre les deux types d' a priori. |
Abstract :
Many image restoration techniques are based on convex energy minimization. We focus on the use of these techniques and consider the minimization of two criteria holding a l1-norm of wavelet coefficients. Most of the recent research works are based on the minimization of a criterion in the wavelet coefficients domain, namely as a sparse prior. We propose a fast algorithm and deconvolution results obtained by minimizing a criterion in the image domain using a redundant decomposition on a frame. The algorithm and model proposed are unusual for this problem and very efficient in term of computing time and quality of restoration results. We show comparisons between the two different priors. |
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2 - Complex wavelet regularization for solving inverse problems in remote sensing.
M. Carlavan et P. Weiss et L. Blanc-Féraud et J. Zerubia. Dans Proc. IEEE International Geoscience and Remote Sensing Symposium (IGARSS), Cape Town, South Africa, juillet 2009.
Mots-clés : Deconvolution, Dual smoothing, nesterov scheme, remote sensing, wavelet.
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3 - Point-spread function retrieval for fluorescence microscopy.
P. Pankajakshan et L. Blanc-Féraud et Z. Kam et J. Zerubia. Dans Proc. IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), Publ. IEEE, Org. IEEE, Boston, USA, juin 2009.
Mots-clés : fluorescence microscopy, point spread function, Algorithme EM, Deconvolution.
Copyright : Copyright 2009 IEEE. Published in the 2009 International Symposium on Biomedical Imaging: From Nano to Macro (ISBI 2009), scheduled for June 28 - July 1, 2009 in Boston, Massachusetts, U.S.A. Personal use of this material is permitted. However, permission to reprint/republish this material for advertising or promotional purposes or for creating new collective works for resale or redistribution to servers or lists, or to reuse any copyrighted component of this work in other works, must be obtained from the IEEE. Contact: Manager, Copyrights and Permissions / IEEE Service Center / 445 Hoes Lane / P.O. Box 1331 / Piscataway, NJ 08855-1331, USA. Telephone: + Intl. 908-562-3966.
@INPROCEEDINGS{ppankajakshan09a,
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| author |
= |
{Pankajakshan, P. and Blanc-Féraud, L. and Kam, Z. and Zerubia, J.}, |
| title |
= |
{Point-spread function retrieval for fluorescence microscopy}, |
| year |
= |
{2009}, |
| month |
= |
{juin}, |
| booktitle |
= |
{Proc. IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI)}, |
| publisher |
= |
{IEEE}, |
| organization |
= |
{IEEE}, |
| address |
= |
{Boston, USA}, |
| pdf |
= |
{http://hal.inria.fr/docs/00/39/55/34/PDF/pankajakshan.pdf}, |
| keyword |
= |
{fluorescence microscopy, point spread function, Algorithme EM, Deconvolution} |
| } |
Abstract :
In this paper we propose a method for retrieving the Point-Spread Function (PSF) of an imaging system given the observed images of fluorescent microspheres. Theoretically calculated PSFs often lack the experimental or microscope specific signatures while empirically obtained data are either over sized or (and) too noisy. The effect of noise and the influence of the microsphere size can be mitigated from the experimental data by using a Maximum Likelihood Expectation Maximization (MLEM) algorithm. The true experimental parameters can then be estimated by fitting the result to a model based on the scalar diffraction theory. The algorithm was tested on some simulated data and the results obtained validate the usefulness of the approach for retrieving the PSF from measured data. |
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4 - Image deconvolution using a stochastic differential equation approach.
X. Descombes et M. Lebellego et E. Zhizhina. Dans Proc. nternational Conference on Computer Vision Theory
and Applications, Barcelona, Spain, mars 2007.
Mots-clés : Deconvolution, Stochastic Differential Equation.
@INPROCEEDINGS{xavBarca2,
|
| author |
= |
{Descombes, X. and Lebellego, M. and Zhizhina, E.}, |
| title |
= |
{Image deconvolution using a stochastic differential equation approach}, |
| year |
= |
{2007}, |
| month |
= |
{mars}, |
| booktitle |
= |
{Proc. nternational Conference on Computer Vision Theory
and Applications}, |
| address |
= |
{Barcelona, Spain}, |
| pdf |
= |
{ftp://ftp-sop.inria.fr/ariana/Articles/2007_xavBarca2.pdf}, |
| keyword |
= |
{Deconvolution, Stochastic Differential Equation} |
| } |
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5 - Wavelet-based restoration methods: application to 3D confocal microscopy images.
C. Chaux et L. Blanc-Féraud et J. Zerubia. Dans Proc. SPIE Conference on Wavelets, 2007.
Mots-clés : Restauration, Deconvolution, 3D images, Microscopie confocale, Poisson noise, Ondelettes.
Copyright : Copyright 2007 Society of Photo-Optical Instrumentation Engineers.
This paper was published in Proc. SPIE Conference on Wavelets and is made available as an electronic reprint (preprint) with permission of SPIE. One print or electronic copy may be made for personal use only. Systematic or multiple reproduction, distribution to multiple locations via electronic or other means, duplication of any material in this paper for a fee or for commercial purposes, or modification of the content of the paper are prohibited.
@INPROCEEDINGS{chaux2007,
|
| author |
= |
{Chaux, C. and Blanc-Féraud, L. and Zerubia, J.}, |
| title |
= |
{Wavelet-based restoration methods: application to 3D confocal microscopy images}, |
| year |
= |
{2007}, |
| booktitle |
= |
{Proc. SPIE Conference on Wavelets}, |
| pdf |
= |
{ftp://ftp-sop.inria.fr/ariana/Articles/2007_chaux2007.pdf}, |
| keyword |
= |
{Restauration, Deconvolution, 3D images, Microscopie confocale, Poisson noise, Ondelettes} |
| } |
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8 Rapports de recherche et Rapports techniques |
1 - Restoration mehod for spatially variant blurred images.
S. Ben Hadj et L. Blanc-Féraud. Rapport de Recherche 7654, INRIA, juin 2011.
Mots-clés : Deconvolution, energy minimization, spatially-variant PSF, Variation totale.
@TECHREPORT{RR_SBH_11,
|
| author |
= |
{Ben Hadj, S. and Blanc-Féraud, L.}, |
| title |
= |
{Restoration mehod for spatially variant blurred images}, |
| year |
= |
{2011}, |
| month |
= |
{juin}, |
| institution |
= |
{INRIA}, |
| type |
= |
{Research Report}, |
| number |
= |
{7654}, |
| url |
= |
{ http://hal.inria.fr/inria-00602650/fr/}, |
| keyword |
= |
{Deconvolution, energy minimization, spatially-variant PSF, Variation totale} |
| } |
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2 - Complex wavelet regularization for 3D confocal microscopy deconvolution.
M. Carlavan et L. Blanc-Féraud. Rapport de Recherche 7366, INRIA, août 2010.
Mots-clés : 3D confocal microscopy, Deconvolution, complex wavelet regularization, discrepancy principle, Alternating Direction technique.
@TECHREPORT{RR-7366,
|
| author |
= |
{Carlavan, M. and Blanc-Féraud, L.}, |
| title |
= |
{Complex wavelet regularization for 3D confocal microscopy deconvolution}, |
| year |
= |
{2010}, |
| month |
= |
{août}, |
| institution |
= |
{INRIA}, |
| type |
= |
{Research Report}, |
| number |
= |
{7366}, |
| url |
= |
{http://hal.inria.fr/inria-00509447/fr/}, |
| keyword |
= |
{3D confocal microscopy, Deconvolution, complex wavelet regularization, discrepancy principle, Alternating Direction technique} |
| } |
Abstract :
Confocal microscopy is an increasingly popular technique for 3D
imaging of biological specimens which gives images with a very good resolution
(several tenths of micrometers), even though degraded by both blur and Poisson
noise. Deconvolution methods have been proposed to reduce these degradations,
some of them being regularized on a Total Variation prior, which gives
good results in image restoration but does not allow to retrieve the thin details
(including the textures) of the specimens. We rst propose here to use instead
a wavelet prior based on the Dual-Tree Complex Wavelet transform to retrieve
the thin details of the object. As the regularizing prior e ciency also depends
on the choice of its regularizing parameter, we secondly propose a method to
select the regularizing parameter following a discrepancy principle for Poisson
noise. Finally, in order to implement the proposed deconvolution method, we
introduce an algorithm based on the Alternating Direction technique which allows
to avoid inherent stability problems of the Richardson-Lucy multiplicative
algorithm which is widely used in 3D image restoration. We show some results
on real and synthetic data, and compare these results to the ones obtained with
the Total Variation and the Curvelets priors. We also give preliminary results
on a modi cation of the wavelet transform allowing to deal with the anisotropic
sampling of 3D confocal images. |
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3 - Space non-invariant point-spread function and its estimation in fluorescence microscopy.
P. Pankajakshan et L. Blanc-Féraud et Z. Kam et J. Zerubia. Research Report 7157, INRIA, décembre 2009.
Mots-clés : Confocal Laser Scanning Microscopy, point spread function, Estimation bayesienne, Estimation MAP, Deconvolution, fluorescence microscopy.
@TECHREPORT{ppankajakshan09c,
|
| author |
= |
{Pankajakshan, P. and Blanc-Féraud, L. and Kam, Z. and Zerubia, J.}, |
| title |
= |
{Space non-invariant point-spread function and its estimation in fluorescence microscopy}, |
| year |
= |
{2009}, |
| month |
= |
{décembre}, |
| institution |
= |
{INRIA}, |
| type |
= |
{Research Report}, |
| number |
= |
{7157}, |
| url |
= |
{http://hal.archives-ouvertes.fr/inria-00438719/en/}, |
| keyword |
= |
{Confocal Laser Scanning Microscopy, point spread function, Estimation bayesienne, Estimation MAP, Deconvolution, fluorescence microscopy} |
| } |
Résumé :
Dans ce rapport de recherche, nous rappelons brièvement comment la nature limitée de diffraction de l'objectif d'un microscope optique, et le bruit
intrinsèque peuvent affecter la résolution d'une image observée. Un algorithme de déconvolution aveugle a été proposé en vue de restaurer les fréquences manquants au delà de la limite de diffraction. Cependant, sous d'autres conditions, l'approximation du systéme imageur l'imagerie sans aberration n'est plus valide et donc les aberrations de la phase du front d'onde émergeant d'un médium ne sont plus ignorées. Dans la deuxième partie de
ce rapport de recherche, nous montrons que la distribution d'intensité originelle et la localisation d'un objet peuvent être retrouvées uniquement en obtenant de la phase du front d'onde
réfracté, à partir d'images d'intensité observées. Nous démontrons cela par obtention de la fonction de ou a partir d'une microsphère imagée. Le bruit et l'infl uence de la taille de la
microsphère peuvent être diminués et parfois complètement supprimes des images observées en utilisant un estimateur maximum a posteriori. Néanmoins, a cause de l'incohérence du système d'acquisition, une récupération de phase a partir d'intensités observées n'est possible que si la restauration de la phase est contrainte. Nous avons utilisé l'optique géométrique
pour modéliser la phase du front d'onde réfracté, et nous avons teste l'algorithme sur des images simulées. |
Abstract :
In this research report, we recall briefly how the diffraction-limited nature of an optical microscope's objective, and the intrinsic noise can affect the observed images' resolution. A blind deconvolution algorithm can restore the lost frequencies beyond the diffraction limit. However, under other imaging conditions, the approximation of aberration-free imaging, is not applicable, and the phase aberrations of the emerging wavefront from a specimen immersion medium cannot be ignored any more. We show that an object's location and its original intensity distribution can be recovered by retrieving the refracted wavefront's phase from the observed intensity images. We demonstrate this by retrieving the point-spread function from an imaged microsphere. The noise and the influence of the microsphere size can be mitigated and sometimes completely removed from the observed images by using a maximum a posteriori estimate. However, due to the incoherent nature of the acquisition system, phase retrieval from the observed intensities will be possible only if the phase is constrained. We have used geometrical optics to model the phase of the refracted wavefront, and tested the algorithm on some simulated images. |
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4 - Restauration d'Images Biologiques 3D en Microscopie Confocale par Transformée en Ondelettes Complexes.
G. Pons Bernad et L. Blanc-Féraud et J. Zerubia. Rapport de Recherche 5507, INRIA, France, février 2005.
Mots-clés : Microscopie confocale, Transformee en ondelettes complexes 3D, Restauration, Debruitage, Deconvolution.
@TECHREPORT{5507,
|
| author |
= |
{Pons Bernad, G. and Blanc-Féraud, L. and Zerubia, J.}, |
| title |
= |
{Restauration d'Images Biologiques 3D en Microscopie Confocale par Transformée en Ondelettes Complexes}, |
| year |
= |
{2005}, |
| month |
= |
{février}, |
| institution |
= |
{INRIA}, |
| type |
= |
{Research Report}, |
| number |
= |
{5507}, |
| address |
= |
{France}, |
| url |
= |
{https://hal.inria.fr/inria-00070500}, |
| pdf |
= |
{https://hal.inria.fr/file/index/docid/70500/filename/RR-5507.pdf}, |
| ps |
= |
{https://hal.inria.fr/docs/00/07/05/00/PS/RR-5507.ps}, |
| keyword |
= |
{Microscopie confocale, Transformee en ondelettes complexes 3D, Restauration, Debruitage, Deconvolution} |
| } |
Résumé :
La microscopie confocale est une méthode puissante pour l'imagerie 3D de spécimens biologiques. Néanmoins, les images acquises sont dégradées non seulement par du flou dû à la lumière provenant de zones non focalisées du spécimen, mais aussi par un bruit de Poisson dû à la détection. Plusieurs algorithmes de déconvolution ont été proposés pour réduire ces dégradations. Un des plus utilisés est l'algorithme itératif de Richardson-Lucy, qui calcule un maximum de vraisemblance adapté à une statistique poissonienne. Mais cet algorithme tend à amplifier le bruit. Une solution consiste alors à introduire une contrainte de régularisation (par exemple, fondée sur la Variation Totale). Ici, nous nous concentrons sur des méthodes fondées sur l'analyse par ondelettes, en particulier sur des méthodes de débruitage via la transformée en ondelettes, qui semblent être plus appropriées à la microscopie en fluorescence 3D. Nous développons dans ce rapport un algorithme de Transformation en Ondelettes Complexes 3D introduit par N. Kingsbury. Celui-ci permet une décomposition invariante par translation et rotation et une sélectivité directionnelle des coefficients en ondelettes. Nous montrons sur des images synthétiques et sur des images réelles les résultats de cet algorithme de débruitage. Ce dernier est ensuite inséré dans le processus de déconvolution. |
Abstract :
Confocal laser scanning microscopy is a powerful technique for 3D imaging of biological specimens. However the acquired images are degraded by blur from out-of-focus light and Poisson noise. Several deconvolution algorithms have been proposed to reduce these degradations, including the Richardson-Lucy iterative algorithm, which computes a maximum likelihood estimation adapted to Poisson statistics. Nevertheless, this algorithm tends to amplify noise. Other solutions exist which combine Richardson-Lucy algorithm and regularization (for example with a Total Variation constraint). In this report, we will concentrate on methods based on wavelet analysis, in particular on wavelet denoising methods, which turn out to be very effective in application to 3D confocal images. To obtain a translation and rotation invariant decomposition algorithm, we have developped the 3D Complex Wavelet Transform introduced by Nick Kingsbury. These wavelets allow moreover a directional selectivity of the wavelet coefficients. We show on simulated and real images the denoising results. This algorithm is then used for the deconvolution purpose. |
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5 - 3D Microscopy Deconvolution using Richardson-Lucy Algorithm with Total Variation Regularization.
N. Dey et L. Blanc-Féraud et C. Zimmer et P. Roux et Z. Kam et J.C. Olivo-Marin et J. Zerubia. Rapport de Recherche 5272, INRIA, France, juillet 2004.
Mots-clés : Microscopie confocale, Deconvolution, Reponse impulsionnelle, Variation totale.
@TECHREPORT{5272,
|
| author |
= |
{Dey, N. and Blanc-Féraud, L. and Zimmer, C. and Roux, P. and Kam, Z. and Olivo-Marin, J.C. and Zerubia, J.}, |
| title |
= |
{3D Microscopy Deconvolution using Richardson-Lucy Algorithm with Total Variation Regularization}, |
| year |
= |
{2004}, |
| month |
= |
{juillet}, |
| institution |
= |
{INRIA}, |
| type |
= |
{Research Report}, |
| number |
= |
{5272}, |
| address |
= |
{France}, |
| url |
= |
{http://hal.inria.fr/inria-00070726/fr/}, |
| pdf |
= |
{https://hal.inria.fr/file/index/docid/70726/filename/RR-5272.pdf}, |
| ps |
= |
{http://hal.inria.fr/docs/00/07/07/26/PS/RR-5272.ps}, |
| keyword |
= |
{Microscopie confocale, Deconvolution, Reponse impulsionnelle, Variation totale} |
| } |
Résumé :
La microscopie confocale (Confocal laser scanning microscopy ou microscopie confocale à balayage laser) est une méthode puissante de plus en plus populaire pour l'imagerie 3D de spécimens biologiques. Malheureusement, les images acquises sont dégradées non seulement par du flou dû à la lumière provenant de zones du spécimen non focalisées, mais aussi par un bruit de Poisson dû à la détection, qui se fait à faible flux de photons. Plusieurs méthodes de déconvolution ont été proposées pour réduire ces dégradations, avec en particulier l'algorithme itératif de Richardson-Lucy, qui calcule un maximum de vraisemblance adapté à une statistique poissonienne. Mais cet algorithme utilisé comme tel ne converge pas nécessairement vers une solution adaptée, car il tend à amplifier le bruit. Si par contre on l'utilise avec une contrainte de régularisation (connaissance a priori sur l'objet que l'on cherche à restaurer, par exemple), Richardson-Lucy régularisé converge toujours vers une solution adaptée, sans amplification du bruit. Nous proposons ici de combiner l'algorithme de Richardson-Lucy avec une contrainte de régularisation basée sur la Variation Totale, dont l'effet d'adoucissement permet d'éviter les oscillations d'intensité tout en préservant les bords des objets. Nous montrons sur des images synthétiques et sur des images réelles que cette contrainte de régularisation améliore les résultats de la déconvolution à la fois qualitativement et quantitativement. Nous comparons plusieurs méthodes de déconvolution bien connues à la méthode que nous proposons, comme Richardson-Lucy standard (pas de régularisation), Richardson-Lucy régularisé avec Tikhonov-Miller, et un algorithme basé sur la descente de gradients (sous l'hypothèse d'un bruit additif gaussien). |
Abstract :
Confocal laser scanning microscopy is a powerful and increasingly popular technique for 3D imaging of biological specimens. However the acquired images are degraded by blur from out-of-focus light and Poisson noise due to photon-limited detection. Several deconvolution methods have been proposed to reduce these degradations, including the Richardson-Lucy iterative algorithm, which computes a maximum likelihood estimation adapted to Poisson statistics. However this algorithm does not necessarily converge to a suitable solution, as it tends to amplify noise. If it is used with a regularizing constraint (some prior knowledge on the data), Richardson-Lucy regularized with a well-chosen constraint, always converges to a suitable solution. Here, we propose to combine the Richardson-Lucy algorithm with a regularizing constraint based on Total Variation, whose smoothing avoids oscillations while preserving object edges. We show on simulated and real images that this constraint improves the deconvolution results both visually and using quantitative measures. We compare several well-known deconvolution methods to the proposed method, such as standard Richardson-Lucy (no regularization), Richardson-Lucy with Tikhonov-Miller regularization, and an additive gradient-based algorithm. |
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6 - Adaptive parameter estimation for satellite image deconvolution.
A. Jalobeanu et L. Blanc-Féraud et J. Zerubia. Rapport de Recherche 3956, Inria, juin 2000.
Mots-clés : Deconvolution, Regularisation, Champs de Markov, Maximum de vraisemblance.
@TECHREPORT{jalo00a,
|
| author |
= |
{Jalobeanu, A. and Blanc-Féraud, L. and Zerubia, J.}, |
| title |
= |
{Adaptive parameter estimation for satellite image deconvolution}, |
| year |
= |
{2000}, |
| month |
= |
{juin}, |
| institution |
= |
{Inria}, |
| type |
= |
{Research Report}, |
| number |
= |
{3956}, |
| url |
= |
{https://hal.inria.fr/inria-00072693}, |
| pdf |
= |
{https://hal.inria.fr/file/index/docid/72693/filename/RR-3956.pdf}, |
| ps |
= |
{https://hal.inria.fr/docs/00/07/26/93/PS/RR-3956.ps}, |
| keyword |
= |
{Deconvolution, Regularisation, Champs de Markov, Maximum de vraisemblance} |
| } |
Résumé :
La déconvolution des images satellitaires floues et bruitées est un problème inverse mal posé, qui peut être régularisé dans un cadre bayésien par l'utilisation d'un modèle a priori de la solution reconstruite. Les modèles de régularisation homogènes ne permettent pas d'obtenir des résultats parfaitement satisfaisants, car les images satellitaires ont des propriétés qui varient spatialement. Nous proposons d'utiliser un modèle inhomogène, et nous étudions différentes méthodes permettant d'estimer les paramètres adaptatifs. L'estimateur que nous avons retenu est le maximum de vraisemblance (MV). Nous montrons que cet estimateur, lorsqu'il est calculé à partir de l'image dégradée, est inutilisable pour la déconvolution d'images, car il n'est pas robuste au bruit. Nous montrons ensuite que l'estimation n'est correcte que si elle est effectuée sur l'image originale. Comme cette image est inconnue, nous devons en calculer une approximation, dont la qualité doit être suffisante pour que les résultats de l'estimation soient utiles pour la restauration. Nous détaillons finalement une méthode hybride, permettant d'estimer les paramètres adaptatifs à partir d'une image déconvoluée par un algorithme utilisant des ondelettes, afin de reconstruire l'image. Les résultats obtenus présentent à la fois des bords francs, des textures nettes, et un très bon rapport signal/bruit dans les zones homogènes, dans la mesure où la technique proposée s'adapte localement aux caractéristiques des données. Une comparaison avec des algorithmes concurrents linéaires et non linéaires est aussi effectuée, pour illustrer son efficacité. |
Abstract :
The deconvolution of blurred and noisy satellite images is an ill-posed inverse problem, which can be regularized within a Bayesian context by using an a priori model of the reconstructed solution. Homogeneous regularizat- ion models do not provide sufficiently satisfactory results, since real satellite data show spatially variant characteristics. We propose here to use an inhomogeneous model, and we study different methods to estimate its space-variant parameters. The chosen estimator is the Maximum Likelihood (ML). We show that this estimator, when computed on the corrupted image, is not suitable for image deconvolution, because it is not robust to noise. Then we show that the estimation is correct only if it is made from the original image. Since this image is unknown, we need to compute an approximati- on of sufficiently good quality to provide useful estimation results. Finally we detail an hybrid method used to estimate the space-variant parameters from an image deconvolved by a wavelet-based algorithm, in order to reconstruct the image. The obtained results simultaneously exhibit sharp edges, correctly restored textures and a high SNR in homogeneous areas, since the proposed technique adapts to the local characteristics of the data. A comparison with linear and non-linear concurrent algorithms is also presented to illustrate the efficiency of the proposed method. |
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7 - Étude de la restitution des paramètres instrumentaux en imagerie satellitaire.
A. Jalobeanu et L. Blanc-Féraud et J. Zerubia. Rapport de Recherche 3957, Inria, juin 2000.
Mots-clés : Deconvolution, Champs de Markov, Maximum de vraisemblance, Methodes variationnelles.
@TECHREPORT{jalo00b,
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| author |
= |
{Jalobeanu, A. and Blanc-Féraud, L. and Zerubia, J.}, |
| title |
= |
{Étude de la restitution des paramètres instrumentaux en imagerie satellitaire}, |
| year |
= |
{2000}, |
| month |
= |
{juin}, |
| institution |
= |
{Inria}, |
| type |
= |
{Research Report}, |
| number |
= |
{3957}, |
| url |
= |
{https://hal.inria.fr/inria-00072691}, |
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= |
{https://hal.inria.fr/file/index/docid/72691/filename/RR-3957.pdf}, |
| ps |
= |
{https://hal.inria.fr/docs/00/07/26/91/PS/RR-3957.ps}, |
| keyword |
= |
{Deconvolution, Champs de Markov, Maximum de vraisemblance, Methodes variationnelles} |
| } |
Résumé :
Le but de cette étude est l'estimation des paramètres du bruit et de la fonction de flou en imagerie satellitaire. En effet, ces images sont dégradées par le système optique, et par un bruit additif lié au capteur. Les paramètres instrumentaux, connus lors du lancement du satellite, peuvent évoluer au cours du temps. Il est alors nécessaire de pouvoir les estimer à partir des images observées, afin de pouvoir corriger ces images, par déconvolution, dans les meilleures conditions. Le noyau de convolution est paramétré par une fonction traduisant la physique du système imageur étudié. Il s'agit d'estimer les paramètres du noyau, ainsi que la variance du bruit, qui est supposé blanc et gaussien. Pour la déconvolution à paramètre- s fixés, nous utilisons une approche variationnelle, qui consiste à minimiser une fonctionnelle traduisant l'attache aux données et la régularisation de l'image cherchée, interdisant l'amplification du bruit tout en préservant les contours. La méthode proposée repose essentiellement sur deux étapes. Le bruit est estimé en utilisant un filtre passe-bande au moyen d'une transformée en cosinus. Ensuite, l'estimation conjointe du paramètre de régularisation et des paramètres du noyau est effectuée par Maximum de Vraisemblance (MV), en utilisant une méthode de Monte Carlo par Chaînes de Markov (MCMC). Nous présentons également dans ce rapport un état de l'art des méthodes de déconvolution aveugle, ainsi qu'une étude sur l'estimati- on du noyau de convolution lorsqu'il n'est pas paramétré. |
Abstract :
The purpose of this study is the estimation of the parameters of the noise and the blur function in remote sensing. Indeed, satellite images are corrupted by the optical system and by an additive noise due to the sensor. The instrumental parameters, known at the lauch of the satellite, can evolve with time. Therefore, it is necessary to estimate them from the observed images, to enable the deconvolution of these images in the best conditions. The convolution kernel is parametrized by a function which describes the physics of the imaging system. We have to estimate the parameters of the kernel as well as the variance of the noise supposed to be white and Gaussian. For the deconvolution with fixed parameters, we use a variational approach which consists of minimizing a functional involving the data and the regularization of the solution, avoiding the amplification of the noise while preserving edges. The proposed method essentially consists of two steps. The noise is estimated using a bandpass filter using a Cosine transform. Then, the joint estimation of the regularizin- g parameter and the kernel parameters is achieved by computing the Maximum Likelihood (ML), using a Markov Chain Monte Carlo (MCMC) method. We also present in this report the state of the art of blind deconvolution methods and a study of the estimation of the convolution kernel when it is not parametrized. |
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8 - Satellite image deconvolution using complex wavelet packets.
A. Jalobeanu et L. Blanc-Féraud et J. Zerubia. Rapport de Recherche 3955, Inria, juin 2000.
Mots-clés : Deconvolution, Estimation bayesienne, Paquet d'ondelettes.
@TECHREPORT{jalo00,
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| author |
= |
{Jalobeanu, A. and Blanc-Féraud, L. and Zerubia, J.}, |
| title |
= |
{Satellite image deconvolution using complex wavelet packets}, |
| year |
= |
{2000}, |
| month |
= |
{juin}, |
| institution |
= |
{Inria}, |
| type |
= |
{Research Report}, |
| number |
= |
{3955}, |
| url |
= |
{https://hal.inria.fr/inria-00072694}, |
| pdf |
= |
{https://hal.inria.fr/file/index/docid/72694/filename/RR-3955.pdf}, |
| ps |
= |
{https://hal.inria.fr/docs/00/07/26/94/PS/RR-3955.ps}, |
| keyword |
= |
{Deconvolution, Estimation bayesienne, Paquet d'ondelettes} |
| } |
Résumé :
La déconvolution des images satellitaires floues et bruitées est un problème inverse mal posé. L'inversion directe entraîne une amplification inacceptable du bruit. Généralement, soit le problème est régularisé lors de l'inversion, soit le bruit est filtré après déconvolution et décomposition dans le domaine de la transformée en ondelettes. Nous avons developpé dans ce rapport la deuxième solution, en seuillant les coefficients d'une nouvelle transformée en paquets d'ondelettes complexes, les fonctions de seuillage étant estimées de manière automatique. L'utilisation de paquets d'ondelettes complexes rend cette méthode invariante par translation, et tient compte des directions, tout en restant d'une complexité O(N). Les résultats obtenus présentent à la fois des textures nettes et un très bon rapport signal/bruit dans les zones homogènes. Par rapport aux algorithmes concurrents, la méthode que nous proposons est plus rapide, invariante par rotation, et tient compte de la directionnalité des détails et des textures de l'image pour mieux les restaurer. Les images déconvoluées de cette manière peuvent être utilisées telles quelles (la restauration peut être intégrée directement dans la chaîne d'acquisition). Mais elles peuvent également constituer le point de départ d'une méthode de régularisation adaptative, permettant d'obtenir des contours plus francs. |
Abstract :
The deconvolution of blurred and noisy satellite images is an ill-posed inverse problem. The direct inversion leads to unacceptable noise amplificatio- n. Usually, either the problem is regularized during the inversion process, or the noise is filtered after deconvolution and decomposition in the wavelet transform domain. Herein, we have developed the second solution, by thresholding the coefficients of a new complex wavelet packet transform; the thresholding functions are automatically estimated. The use of complex wavelet packets enables translation invariance, and takes into account the directions, while remaining of complexity O(N). The obtained results exhibit both correctly restored textures and a high SNR in homogeneous areas. Compared to concurrent algorithms, the proposed method is faster, rotation invariant and takes into account the directions of the details and textures of the image to restore them better. The images deconvolved this way can be used as they are (the restoration step proposed here can be directly inserted in the acquisition chain). But they also can provide a starting point of an adaptive regularization method, enabling one to obtain sharper edges. |
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