Bastien Laville | Morpheme

À propos

Je suis en doctorat de mathématiques appliquées pour l'imagerie biomédicale, sous la direction de Mme Laure Blanc-Feraud and M. Gilles Aubert au sein de l'équipe Morpheme.
Je travaille sur la thèse intitulée 'Off-the-grid dynamic super-resolution for fluorescence microscopy'. Le but est de reconstruire des mesures de Radon statiques ou dynamiques (des Diracs, des courbes), éléments de l'espace $\mathcal{M}(\mathcal{X})$ à partir d'une pile d'acquisition floutée et bruitée ; dans le cadre d'applications pratiques en imagerie biomédicale notamment dans l'imagerie de fluorescence ou l'imagerie par ultrasons (ULM).

Thèmes de recherche

Problème inverse : sans-grille, reconstruction dynamique, calcul des variations.
Vision assistée par ordinateur : traitement d'images/vidéo, segmentation d'images, calcul haute performance.
Imagerie biomédicale : imagerie de fluorescence, échocardiographie de contraste.
Transport optimal : flot de gradient, métrique géodésique.

La figure suivante présente la reconstruction produite par notre module python sans-grille (image du milieu) sur une pile d'acquisition SMLM expérimentale, à comparer avec la moyenne temporelle de la pile (à gauche) et avec la reconstruction de l'algorithme DeepSTORM (à droite).

An illustration of the off-the-grid method

Publications

On-going work on curves.
Bastien Laville, Laure Blanc-Féraud et Gilles Aubert.
Preprint. Mai 2022.
[PDF] [TeX]

Super-résolution sans-grille pour l'imagerie de fluctuation.
Bastien Laville, Laure Blanc-Féraud et Gilles Aubert.
Prépublication GRETSI 2022. Septembre 2022. En français.
[PDF] [Code] [TeX]

Off-the-grid covariance-based super-resolution microscopy.
Bastien Laville, Laure Blanc-Féraud et Gilles Aubert.
IEEE ICASSP. Mai 2022.
[PDF] [DOI] [Poster] [Code] [TeX]

Off-the-grid variational sparse spike recovery: methods and algorithms.
Bastien Laville, Laure Blanc-Féraud et Gilles Aubert.
Journal of Imaging, Volume 7, Issue 12. Décembre 2021. Revue.
[PDF] [DOI] [Code] [TeX]

Notre paquet sans-grille OPS

Nous avons développé une implémentation en python des méthodes sans-grille les plus récentes, afin de centraliser les algorithmes les plus performants dans un module efficace et accessible aux chercheur(e)s extérieur(e)s au domaine. Regardez notre implémentation sur notre dépôt Git, contactez-moi pour prendre part au projet !

Sélection de présentations

New off-the-grid approaches. Juin 2022, CANUM. [Planches]
Off-the-grid covariance-based super-resolution microscopy. Mai 2022, International Conference on Acoustics, Speech, & Signal Processing (IEEE ICASSP). [Planches] [TeX]
Curves reconstruction: an Atomic based Method for Gridless (AMG). Mars 2022, Morpheme seminar. [Planches]
Off-the-grid static and dynamic super-resolution. Décembre 2021, ANR MicroBlind, Centre International de Rencontres Mathématiques (France). [Planches] [Code]

Enseignements

Automatique (PEiP 2) - 78 heures.
Tutorat de stagiaires (M2) - 8 heures.
Mathématiques, outils de base (L3) - 17 heures.
Traitement du signal (L3) - 25 heures.

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