Further
information on the projet
Documents and publication:
knowing more about the project...
Research groups: the participants and how
to reach them...
Agenda: meetings, news,...
Documents and publications:
J.-L. Gouzé et H. de Jong (2002), GDyn : Analyse de
réseaux de régulation génique, text of the
proposition for the ARC (in French).
H. de Jong (2002), Modeling and simulation of genetic regulatory
systems: A literature review, J.
Comput. Biol., 9(1):69-105.
H. de Jong, J. Geiselmann, C. Hernandez et M. Page
(2003), Genetic Network Analyzer: Qualitative simulation of genetic
regulatory networks, Bioinformatics,
19(3):336-344. Web pages
of GNA.
H. de Jong, J.-L. Gouzé, C. Hernandez, M. Page, T. Sari et J.
Geiselmann (2002), Qualitative
simulation of genetic regulatory networks using piecewise-linear models,
rapport de recherche INRIA, RR-4407.
G. Ferrari-Trecate, M. Muselli, D. Liberati et M. Morati (2002),
Analysis of discrete-time piecewise affine and hybrid systems, Automatica, 38(12):2139-2146.
J.-L. Gouzé et T. Sari (2002), A class
of piecewise linear differential equations arising in biological models,
rapport de recherche INRIA, RR-4207.
Research groups:
1. CEG (Laboratoire Plasticité et
Expression des Génomes Microbiens, FRE2383, université
Joseph Fourier, Grenoble)
Johannes Geiselmann et Dominique Schneider font partie
de l'équipe CEG dans le laboratoire Plasticité et
Expression des Génomes Microbiens, placé sous la double
tutelle de l'université Joseph Fourier (UJF) et du CNRS
(FRE2383). Ils s'intéressent entre autres aux mécanismes
moléculaires de l'adaptation des micro-organismes à leur
environnement, ainsi qu'aux régulation de l'expression
génique et rythmes circadiens chez les bactéries. Les
organismes modèles surtout étudiés dans CEG sont Escherichia
coli et Synechocystis PCC6803.
Participants à l'ARC : Johannes Geiselmann (Pr
université Joseph Fourier) et Dominique Schneider (MdC
université Joseph Fourier).
Responsable de l'équipe et adresse : Johannes Geiselmann,
CERMO, 460 rue de la Piscine, BP53, 38041 Grenoble Cedex 9.
Téléphone : 04 76 63 56 62
Courriel : Hans.Geiselmann@ujf-grenoble.fr
Page web : http://www.ujf-grenoble.fr/ujf/fr/recherche/labujf/pegm.phtml
2. COMORE (INRIA Sophia Antipolis)
Le projet COMORE s'intéresse aux systèmes
biologiques, et plus particulièrement aux
écosystèmes et aux bioréacteurs. L'objectif global
de COMORE est d'appliquer et de développer des méthodes
de
l'automatique (modélisation, identification, estimation,
régulation, contrôle optimal, théorie des jeux) et
de la théorie des systèmes dynamiques aux ressources
vivantes exploitées (ressources renouvelables), afin d'en
améliorer la gestion. Notre cadre de pensée est celui de
l'automatique : un système, décrit par des variables
d'état, est soumis à des entrées (des actions sur
ce système que l'on maîtrise ou non), et est décrit
par des sorties (les mesures possibles sur le système).
Plus spécifiquement, Olivier Bernard et Jean-Luc Gouzé
s'intéressent à l'analyse qualitative des systèmes
dynamiques issus de la biologie. Ils ont mis au point des techniques
pour étudier des systèmes connus de manière
qualitative seulement (par les signes de la matrice jacobienne par
exemple).
Participants à l'ARC : Olivier Bernard (CR INRIA) et
Jean-Luc Gouzé (DR INRIA).
Chef de projet et adresse : Jean-Luc Gouzé, INRIA Sophia
Antipolis, 2004 route des Lucioles, B.P. 93, 06902 Sophia-Antipolis
Cedex.
Téléphone : 04 92 38 78 75
Courriel : gouze@sophia.inria.fr
Page web : http://www.inria.fr/comore
3. HELIX (INRIA Rhône-Alpes)
Le projet HELIX, bi-localisé à l'INRIA
Rhône-Alpes (Grenoble) et l'université Claude Bernard
(Lyon), s'intéresse à la bioinformatique. Au sein du
projet, la bioinformatique est vue comme l'ensemble des méthodes
et des outils informatiques destinés à modéliser,
analyser et visualiser les diverses entités impliquées
dans les processus d'expression et de transmission de l'information
génétique, ainsi que les relations que ces entités
entretiennent entre elles, en particulier au sein des réseaux
géniques et métaboliques. Parmi les axes de recherche de
HELIX, on compte la modélisation des gènes et
l'inférence de motifs, l'organisation des génomes et
cartographie comparée, la phylogénie et évolution,
la modélisation dynamique des réseaux de
régulation
génique, la protéomique et la modélisation de
données génomiques et post-génomiques.
Hidde de Jong et Michel Page travaillent sur la modélisation et
la simulation de réseaux de régulation génique.
Ils
ont dévéloppé une méthode de simulation
qualitative qui a été impléméntée
dans l'outil GNA (Genetic Network Analyzer) et appliquée
à
des réseaux de régulation réels.
Participants à l'ARC : Hidde de Jong (CR INRIA) et Michel
Page (MdC université Pierre Mendès France, Grenoble).
Chef de projet et adresse : François Rechenmann, INRIA
Rhône-Alpes, 655 avenue de l'Europe, Montbonnot, 38334 Saint
Ismier CEDEX.
Téléphone : 04 76 61 53 65
Courriel : francois.rechenmann@inrialpes.fr
Page web : http://www.inrialpes.fr/helix
(en
reconstruction)
4. LMA (Laboratoire
Mathématiques
et Applications, EA 1108, université de Haute Alsace, Mulhouse)
Tewfik Sari est membre du Laboratoire
Mathématiques et Applications de l'université de Haute
Alsace à Mulhouse (EA 1108). Il s'intéresse aux
méthodes géométriques et asymptotiques pour les
équations différentielles ordinaires, ainsi qu'à
leurs applications, principalement en biologie. Pendant 2001-2002,
Tewfik Sari a été accueilli en délégation
dans le projet COMORE.
Participants à l'ARC : Tewfik Sari (Pr université
de Haute Alsace).
Responsable du laboratoire et adresse : Michel Goze, Laboratoire
de Mathématiques et Applications, université de Haute
Alsace, 4 rue des Frères Lumière, 68093 Mulhouse.
Téléphone : 03 89 33 64 28
Courriel : M.Goze@uha.fr
Page web : http://www.math.univ-mulhouse.fr/
5. SOSSO (INRIA Rocquencourt)
Le projet SOSSO mène des recherches en
modélisation et commande motivées par des
problèmes
dans deux domaines d'application privilégiés,
l'automobile
(modélisation, commande et diagnostic des systèmes de
dépollution) et la santé (modélisation des
systèmes cardio-respiratoire et de reproduction et de leur
contrôle en vue de l'aide au diagnostic). Cela conduit à
des problèmes de modélisation mathématique,
d'identification et de commande de divers types de systèmes,
principalement des systèmes à retards, à
hystérésis ou hybrides. Récemment, les travaux de
modélisation du coeur (ARC ICEMA2) l'ont conduit à
s'intéresser à la modélisation et à la
commande de systèmes multi-échelles.
Dans le domaine des systèmes hybrides, les compétences de
Giancarlo Ferrari-Trecate sont l'analyse de l'observabilité et
de
la stabilité, l'estimation d'état et l'identification des
systèmes affines par morceaux. Dans le projet,
Frédérique Clément et Michel Sorine
s'intéressent plus particulièrement aux problèmes
de régulation dans des systèmes biologiques
(régulation ovarienne par exemple).
Participants à l'ARC : Frédérique
Clément (CR INRIA), Giancarlo Ferrari-Trecate (CR INRIA) et
Michel Sorine (DR INRIA).
Chef de projet et adresse : Michel Sorine, INRIA Rocquencourt,
Domaine de Voluceau, Roquencourt, B.P. 105, 78153 Le Chesnay Cedex.
Téléphone : 01 39 63 56 48
Courriel : Michel.Sorine@inria.fr
Page web : http://www-rocq.inria.fr/sosso
6. TOP (Laboratoire Organismes
Photosynthétiques et Environnement, UMR 8543, École
Normale Supérieure, Paris)
L'équipe TOP, dirigée par Jean Houmard,
fait partie du Laboratoire Organismes Photosynthétiques et
Environnement (UMR 8543), placé sous la double tutelle de
l'École Normale Supérieure de Paris et du CNRS. Les
membres de TOP ont pour objectif d'élucider les
mécanismes
moléculaires mis en jeu par les cyanobactéries --
procaryotes photosynthétiques qui produisent environ 20% de
l'oxygène de la Planète -- lors de leur adaptation aux
changements dans les paramètres environnementaux. Le rôle
que pourraient jouer les nucléotides cycliques (AMPc et GMPc)
dans ces phénomènes est plus particulièrement
étudié. Chez les organismes eucaryotes, ces seconds
messagers sont en effet impliqués dans nombre de
régulations globales et les cyanobactéries sont, à
ce jour, les seuls procaryotes à posséder les deux types
de nucléotides cycliques.
Pour ces études, des approches aussi globales que possible sont
menées, transcriptome (J.C. Cadoret) et protéome (J.
Wang), sur des cyanobactéries modèles, pour lesquelless
les séquences complètes de génome sont
disponibles.
Parallèlement, une caractérisation biochimique des
enzymes
et protéines impliquées dans les voies de transduction du
signal est menée par Chantal Guidi-Rontani.
Participants à l'ARC : Chantal Guidi-Rontani (CR CNRS) et
Jean Houmard (DR CNRS).
Responsable de l'équipe et adresse : Jean Houmard,
département de biologie, École Normale Supérieure,
46 rue d'Ulm, 75230 Paris Cedex 05.
Téléphone : 01 44 32 35 19
Courriel : jhoumard@biologie.ens.fr
Page web : http://www.biologie.ens.fr/fr/photoreg/umr8543_99.html
Agenda:
Kick-off meeting: 28 February 2003 (ENS Paris)
Post-doc
for the mathematical and computational analysis of
genetic regulatory networks