TP X

A la radio, j'ai entendu une personne évoquer la maladie de la "vache folle chez l'homme"... Naturellement la maladie de la vache folle concerne les bovins. Il existerait pourtant des rapports avec l'homme, se pose effectivement le problème de la barrière des espèces. Se posent de nombreux autres problèmes.

• Protéine X. On considère la séquence protéique partielle suivante :
  

GGGTHSQWNKPSKPKTNMKHMAGAAAAGAVVGGLGGYMLGSAMSRPIIH 
ENMHRYPNFVHDCVNIDVKMMERVVERESQAYYQ

Il s'agit de la séquence partielle (de 83 résidus) d'une protéine, laquelle ? Indentifiez cette protéine à l'aide de l'outil Pfam/HMM Search : sur le site de Pfam (Protein families database of alignments and HMMs) de l'Institut Sanger. En cliquant sur le "cylindre vert" (match) vous tombez sur la protéine dont le numéro d'accès dans Pfam est PF00377. En dessous de la représentation 3D de la molécule, vous avez :

For additional annotation, see the PROSITE document PDOC00263 [Expasy|SRS-UK|SRS-USA]

Cliquez sur "Expasy" : la sous-séquence "PHGGGWGQ" est décrite comme une répétition en tandem (chez les mammifères). Cliquez sur la première référence de PROSITE cross-reference(s), sous la rubrique Cross-references vous trouverez 44 True positive hits, choisissez la version HUMAN. Vous tombez sur la protéine P04156 (entrée SWISS-PROT), à la fin vous avez P04156 in FASTA format (la séquence de 253 résidus de la version humaine de cette protéine).

Reprenez cette séquence complète, faites des insertions/délétions (coupez des bouts de cette séquence, intervertissez des bouts de la séquence) et faite une recherche avec l'outil Pfam/HMM Search : on retrouve raisonnablement la même protéine (cela donne une idée des capacité de la recherche de profiles par HMM).

Faites un dotplot de cette séquence (avec dotlet) : que voit-on de plus évident ? (cf. répétitions en tandem). Consultez la description des caractéristiques (Features) de cette protéine (PRIO_HUMAN) sur le site du EBI (cliquez ici). donne des informations sur le domaine dans la séquence : quelle région (numéro du premier et du dernier AA définissant cette région) correspond à ces répétitions ?

• De quoi parle-t-on ? Consultez - par exemple - le petit dossier de la Fondation pour la Recherche Médicale sur la Maladie de Creutzfeldt-Jakob et maladies à prions. On comprend déjà que la "maladie de la vache folle chez l'humain" est la maladie de Creutzfeldt-Jakob (MCJ), du moins une nouvelle variante de cette maladie [variante de la MCJ, vMCJ ; new variant Creutzfeld Jakob Disease, nvCJD ou vCJD].

1. Combien de formes cette maladie présente ?
2. Quelle forme de MCJ l'hormone de croissance d'origine humaine provoque-t-elle (cette hormone de croissance est maintenant synthétisée) ?
• Le 13 mars 2002, l'Institut Pasteur a été assigné en responsabilité civile, devant le Tribunal de Grande Instance de Montpellier. A cette occasion l'Institut Pasteur propose un dossier de presse (+ dossier "Aide-mémoire hormone de croissance").
• Maladie de Creutzfeldt-Jakob – Association des Parents d’Enfants Victimes (site hébergé par Orphanet : site sur les maladies rares et les médicaments orphelins, on parle aussi de maladies orphelines).

• sur le site de l’Institut de veille sanitaire, cherchez le nombre de cas de variantes MCJ : combien de cas certains ou probables de vMCJ ont été identifiés en France ?

• La protéine Prion.
  • Que signifie Prion ? Qui l'a mise en évidence ?
  • La protéine Prion PrP existe sous deux formes : la protéine normale PrPc (c pour cellular) et la protéine pathogène PrPsc (sc pour scrapie : tremblante du mouton. Egalement notée PrPres en français : res pour protéase résistant) en quoi diffèrent-elles ?
  • Expliquez (en quelques mots !) ce que signifie l'hypothèse de la "protéine seule" et quelles en seraient les étonnantes implications (qui expliquent en partie l'intérêt porté au prion).

• Une autre séquence. On considère la séquence d'ADN suivante :

ATGGCGAACCTTGGCTGCTGGATGCTGGTTCTCTTTGTGGCCACATGGAGTGACCTGGGCCTCTGCAAGA
AGCGCCCGAAGCCTGGAGGATGGAACACTGGGGGCAGCCGATACCCGGGGCAGGGCAGCCCTGGAGGCAA
CCGCTACCCACCTCAGGGCGGTGGTGGCTGGGGGCAGCCTCATGGTGGTGGCTGGGGGCAGCCTCATGGT
GGTGGCTGGGGGCAGCCCCATGGTGGTGGCTGGGGGCAGCCTCATGGTGGTGGCTGGGGGCAGCCTCATG
GTGGTGGCTGGGGGCAGCCTCATGGTGGTGGCTGGGGGCAGCCCCATGGTGGTGGCTGGGGACAGCCTCA
TGGTGGTGGCTGGGGTCAAGGAGGTGGCACCCACAGTCAGTGGAACAAGCCGAGTAAGCCAAAAACCAAC
ATGAAGCACATGGCTGGTGCTGCAGCAGCTGGGGCAGTGGTGGGGGGCCTTGGCGGCTACATGCTGGGAA
GTGCCATGAGCAGGCCCATCATACATTTCGGCAGTGACTATGAGGACCGTTACTATCGTGAAAACATGCA
CCGTTACCCCAACCAAGTGTACTACAGGCCCATGGATGAGTACAGCAACCAGAACAACTTTGTGCACGAC
TGCGTCAATATCACAATCAAGCAGCACACGGTCACCACAACCACCAAGGGGGAGAACTTCACCGAGACCG
ACGTTAAGATGATGGAGCGCGTGGTTGAGCAGATGTGTATCACCCAGTACGAGAGGGAATCTCAGGCCTA
TTACCAGAGAGGATCGAGCATGGTCCTCTTCTCCTCTCCACCTGTGATCCTCCTGATCTCTTTCCTCATC
TTCCTGATAGTGGGATGA

Il s'agit de la séquence du Prion "anormal" PrPscr. Transformez cette séquence en acides aminés : utilisez - par exemple - le service du traducteur d'infobiogen. Faites ensuite un dotplot (par dotlet) de cette séquence avec elle-même. Puis un dotplot d'elle-même avec la séquence de la protéine du prion PrP "normal" que vous avez trouvé au premier point. Que constatez-vous ?