| quelques éléments de bio-informatique | ||
| quelques dates (provenant de l'Historique d'InfobioGen) |
Deux cours en ligne :
- L' Introduction à la bioinformatique qui est un élément du riche mais tentaculaire DEAMBULUM (Exploration thématique des BIO-NETosphères : Biologie moléculaire - BioInformatique - Médecine - Biologie) d'InfoBioGen.
- Les cours de bioinformatique de Daniel Gautheret à l'ESIL (Ecole supérieure d'informatique de Marseille).
- Le site d'auto-formation en bioinformatique de Christian Fondrat et Jérôme Kalfon (Paris 5).
Infbiogen propose également un glossaire et un petit historique de bio-informatique. Le génoscope propose un petit historique de la biologie moléculaire. L'Institut Pasteur propose :
- le BionetBook, un répertoire de pages Web de biologie.
- le BioWeb, un ensemble de logiciels en ligne pour la biologie.
1866
- Les lois de l'hérédité de Gregor Mendel (1822-1884).
1909
- W. Johannsen dénomme «gènes» les particules de l'hérédité proposées par Mendel.
1913
- Première carte génétique du chromosome X avec la position respective de 3 gènes par T. Morgan et A. Sturtevant .
1927
- H. Muller met au point l'induction artificielle de mutations par les rayons X. Les gènes deviennent des objets susceptibles d'être modifiés expérimentalement.
1945
- Dans son livre «What Is Life ?», Erwin Schrödinger esquisse la notion de code génétique : «It is these chromosomes, or probably only an axial skeleton fibre of what we actually see under the microscope as the chromosome, that contain in some kind of code-script the entire pattern of the individual’s future development and of its functioning in the mature state [...]. The chromosome structures are at the same time instrumental in bringing about the development they foreshadow. They are law-code and executive power-or, to use another simile, they are architect’s plan and builder’s craft – in one.»
1947
- Le DOE (agence fédérale responsable des programmes nucléaires aux Etats-Unis) s'engage dans les recherches génétiques.
1953
- James D. Watson et Francis H. C. Crick découvrent la structure en double hélice de l'ADN.
1956
- Frederik Sanger établit la séquence en acides aminés de l'insuline.
1961
- Nirenberg et Mattaei déchiffrent le code génétique.
1965
- Jacques Monod , François Jacob et A. Wolf (tous nobélisés) découvrent les mécanismes de la régulation génétique impliqués dans le dogme central de la biologie moléculaire, énoncé initialement par Crick.
.
- Atlas of Protein Sequences : 1ère compilation de protéines coordonnée par Margaret Dayhoff.
1967
- "Construction of Phylogenetic Trees" (Fitch et Margoliash).
1970
- Alignement global de séquences (algorithme de Needleman et Wunsch). "A general method applicable to the search for similaries in sequences of two proteins"
1972
- Clonage de fragments d'un plasmide bactérien dans le génome d'un virus pour les reproduire à volonté : c'est l'ADN recombiné. (P. Berg, D. Jackson, R. Symons)
1974
- Création d'un Comité sur l'ADN recombinant, appelant la communauté scientifique à un moratoire sur les expériences de recombinaison génétique (Berg et plusieurs de ses collègues redoutaient alors la dissémination accidentelle dans l'environnement, à partir d'un laboratoire, de bactéries génétiquement modifiées et qu'elles ne subissent des mutations de l'ADN viral intégré faisant apparaître de nouveaux agents pathogènes.)
- Programme de prédiction de structures secondaires des protéines (Chou et Fasman) : "Prediction of Protein Conformation".
1975
- Conférence internationale d'Asilomar sur le risque génétique : le moratoire est levé mais on énonce une série de recommandations.
1977
- Frederik Sanger met au point la méthode de Sanger pour établir le séquençage. Premier package sur l'analyse des séquences (Staden).
1978
- Séquençage du premier génome à ADN, le bactériophage phiX174 (5386pb) (F. Sanger).
1980
- Création de la banque EMBL : banque européenne généraliste de séquences nucléiques.
1981
- Alignement local de séquences (algorithme de Smith et Waterman)
- Naissance du 1er animal transgénique (une souris) (Franck H.Ruddle et John W. Gordon)
1982
- Création de la banque Genbank : banque américaine généraliste de séquences nucléiques.
- Localisation du gène responsable de la myopathie de Duchenne.
1984
- Développement de la réaction de polymérisation en chaîne (PCR) par Mullis. Technique permettant d'amplifier sélectivement toute séquence d'ADN. Outil devenu indispensable tant en recherche appliquée que fondamentale : séquençage génomique et cartographie, diagnostic génétique, analyse de l'expression des gènes ...
- Création de la banque NBRF : banque américaine généraliste de séquences protéiques.
1985
- Programme Fasta (Pearson- Lipman) : recherche rapide d'alignements locaux dans une banque.
- L'idée de décrypter les trois milliards de bases du génome humain nait pour la 1ère fois à l'Imperial Cancer Research (ICR) de Londres.
1986
- Création de la banque DDBJ : banque japonaise généraliste de séquences nucléiques.
- Création de la banque SwissProt : banque généraliste de séquences protéiques créée à l'Université de Genève.
- Clonage du gène responsable de la forme de myopathie de Duchenne de Boulogne (dystrophie musculaire).
1987
- Réalisation et commercialisation du 1er séquenceur automatisé par la société Applied Biosystems (Californie).
- 1ère carte génétique du génome humain.
- Apparition de la technologie des puces à ADN.
1988
- Création du projet HUGO (Human Genome Organization) pour coordonner les efforts de cartographie et de séquençage entrepris dans le monde et éviter les doublons.
1990
- Programme BLAST (Altschul et al.) : recherche rapide d'alignements locaux dans une banque.
- Premier essai de thérapie génique.
- Les NIH (National Institutes of Health) et le DOE présentent au Congrès le projet HGP (Human Genome Project) qui vise à séquencer entièrement le génome humain et à identifier l'ensembles des gènes humains.
- C. Venter entreprend une approche par EST en ne décryptant que les parties codantes du génome : elle consiste au séquençage systématique de grandes séries de clones d'ADNc pris au hasard et lus partiellement (quelques centaines de bases/clone), les EST, et cela, pour réduire le temps et le coût. Ces EST correspondent ainsi à autant d'étiquettes permettant la localisation ultérieure de ces gènes.
1991
- Programme Grail (Mural et al.) : localisation de gènes.
- Tentative d'obtention de brevets sur les EST par les NIH et Craig Venter.
1992
- Fondation du Centre de recherche SANGER. C'est le centre le plus productif des instituts public de séquençage : il réalise la moitié de la "production" mondiale.
- C. Venter quitte les NIH et fonde le TIGR, compagnie privée, sans but lucratif, destinée à créer une banque d'EST couvrant le génome humain et à séquencer le génome de microorganismes.
- Séquençage complet du chromosome III de la levure Saccharomyces cerevisiae.
- 13 gènes de maladies génétiques ont été identifiées par clonage positionnel.
1993
- Création de la base dbEST : banque de données internationale des séquences EST, accessible sur le site du NCBI.
- Etzold et Argos créent SRS, logiciel d'interrogation multibanques accessible sur le web
1995
- Séquençage de la 1ère bactérie, Haemophilus influenzae (1,83 Mb) (Fleischmann).
1996
- Séquençage du 1er génome eucaryote, Saccharomyces cerevisiae (12 Mb, 6000 gènes, 16 chromosomes) (Dujon).
- Les partenaires internationaux du HGP se mettent d'accord sur le principe de la mise à disposition immédiate (dans les 24 heures) sur Internet des séquences brutes dès qu'elles dépassent une longueur de 1000pb.
1997
- Programme Gapped Blast (Alschul et al.)
- Création du Génoscope (CNS, Centre National du Séquençage, à Evry).
- Clonage de la brebis Dolly :
- Stanley Prusiner, "découvreur" du Prion est nobélisé.
1998
- Séquençage du 1er organisme pluricellulaire (premier animal), Caenorhabditis elegans (100 Mb) , le vers nématode.
1999
- Publication de la séquence complète du chromosome 22 humain.
2000
- Publication de la séquence complète du chromosome 21 humain.
- 14 mars 2000. T. Blair et B. Clinton publient une déclaration selon laquelle les données brutes sur le génome humain doivent être mises gratuitement à la disposition des scientifiques.
- 26 juin 2000. A la Maison Blanche, le Dr Craig Venter (projet privé : Celera Genomics), Bill Clinton et le Dr Francis Collins (projet public : Human Genom Project) et Tony Blair (par satellite) annoncent la fin du séquençage "brut" du génome humain.
- Publication du "working draft" (brouillon) de la première carte complète du génome humain [New York Times du 27 Juin 2000].
- Séquençage du premier génome de plante, Arabidopsis thaliana.
2001
- 12 février 2001. Annonce du décryptage presque complet du génome humain. Les travaux de la compagnie américaine privée Celera Genomics et du projet public international Génome Humain (HGP pour Human Research Project) sont sur les sites internet des deux revues Science et Nature [ science | nature ]. Le séquençage du génome humain est achevé à 95%. Résultat: les hommes ne possèdent que 30 000 gènes. Et à 99,9%, nous sommes génétiquement tous pareils...
- 13 octobre 2001. Premier clone d'embryon humain (). Des chercheurs de la société US Advanced Cells Technology (ATC) ont indiqué qu'ils avaient réussi à produire les premiers embryons humains au patrimoine génétique modifié, par clonage et par parthénogenèse. Destinés à produire des cellules souches pour traiter certaines maladies incurables, les embryons ont vécu moins d’un jour... (cf. Le Monde).
2002
- 15 févier 2002. Clonage d'un chat "Cc" (pour Carbone Copy...) par la compagnie texane "Genetic Savings & Clone" dont l'un des buts est de cloner des animaux de compagnie... [ courrier internationnal ]
