Les méthodes modernes de conception de médicaments font pour une large part appel à l'outil informatique: calcul et représentation des surfaces moléculaires, étude de la complémentarité ligand-récepteur, "screening" de grandes bases de données moléculaires, recherche de groupes d'atomes communs à plusieurs molécules, etc. En particulier, l'amélioration de l'efficacité de molécules traitant une pathologie donnée passe inévitablement par la comparaison des fonctions chimiques qu'elles présentent. D'où l'importance d'une représentation "normalisée" des formules développées des molécules afin de mettre en évidence ces "différences" et "similarités".
Étant donné un graphe, i.e. un ensemble de sommets reliés par des arêtes (orientées ou pas), le dessin de graphe consiste comme son nom l'indique à représenter ce graphe dans le plan de façon à en faciliter la lecture. Le problème peut être restreint en imposant par exemple aux arêtes d'être tracées sur une grille orthogonale, ou d'être représentées par des lignes brisées. Également, le dessin peut être conçu pour minimiser le nombre de croisements d'arêtes, pour maximiser le plus petit angle entre deux arêtes issues du même sommet, ou encore maximiser les symétries. Ce domaine de recherche est à la fois récent et en plein essor comme en témoigne la parution de l'ouvrage Graph Drawing, G. Di Battista et al., Prentice Hall, 1999.
Le stage proposé s'inscrit dans une collaboration entre l'INRIA Sophia et Sanofi Recherche (Montpellier). Son objectif est de mettre en uvre des techniques de type dessin de graphe sur les formules développées de molécules afin de mettre en évidence leurs "différences" et "similarités". Il pourra commencer par l'étude du cas plus simple où la représentation de certaines fonctions chimiques ainsi que les structures communes à plusieurs molécules sont connues. Les résultats attendus sont de trois ordres:
Last modified: Thu Oct 7 12:53:08 MET DST 1999