Chaînes de Markov & modèles matriciels
Dynamique de peuplements forestiers
SupAgro 2010 - UE démarche de modélisation
Fabien Campillo (INRIA) - Frédéric Mortier (CIRAD) - Vivien Rossi (CIRAD)
La dynamique des peuplements forestiers naturels ou plantés est à la base de questions primordiales comme la séquestration du carbone et le changement climatique global. Il est donc devenu nécessaire de dépasser le niveau déjà complexe de la gestion sylvicole et d’aller plus loin dans la compréhension et la simulation de tels systèmes dynamiques. Le but de cet atelier est de comprendre les outils nécessaires à la simulation de telles dynamiques forestières ainsi qu’à l’inférence à l’aide de données de terrain. On se propose dans cet atelier de simuler l’évolution de tels peuplements et d’en analyser certaines propriétés. Les outils de modélisation computationnelle présentés dans cette unité sont pertinents dans de nombreuses autres applications d’ingénierie en agronomie et écologie.
Cet atelier abordera les points suivants:
- Rappel sur le calcul matriciel,
- Modèles markoviens,
- Modèles matriciel de Usher,
- Application à la dynamique de peuplement forestier.
On fera appel au logiciel R. Un support de cours contenant tous les éléments nécessaires à la compréhension de l'atelier sera distribué.
- Le support de cours [version provisoire]. Attention ce support dépasse largement le matériel qui sera utilisé lors de l'atelier. Il est "self-contained" et servira d'outil de référence [pdf]
- Quelques éléments bibliographiques
- le numéro 1 de la revue AgroNews du CIRAD consacrée à la forêt tropicale [ici]
- un dossier d'information CIRAD sur l'avenir des forêts tropicales [ici]
- un dossier du WWF sur les forêts tropicales et les bois topicaux [ici]
- thèse de Sébastien Jesel (CIRAD) : Ecologie et dynamique de la régénération de Dicorynia Guianensis (Caesalpiniaceae) dans une forêt guyanaise" [ici]
- Les TP R [fichier zip]
- À propose de R:
- le site de R
- le cours "R pour les débutants" d'Emmanuel Paradis [pdf]
- installer R (linux/MacOs X/Windows) [lien]
- Séances:
- séance 1 (Frédéric Mortier), mardi 27 avril de 13h30 à 15h30, salle 317 (3ème étage) du bâtiment 21: problématique de gestion des forêts naturelles, modèles matriciels, éléments de R.
- séance 2 (Frédéric Mortier et Fabien Campillo) : vendredi 7 mai de 13h30 à 17h30, salle 317 (3ème étage) du bâtiment 21: suite de la séance 1; rappel de calcul matriciel
- séance 3 (Fabien Campillo) : 1h ou 1h30 à trouver !
- séance 4 (Fabien Campillo, Frédéric Mortier) vendredi 11 juin de 13h30 à 17h30, salle informatique qui se situe au rdc du bat 24
- Liens:
- lien moodle/supagro [ici]