Votre courriel/e-mail of the proposer : gouze@sophia.inria.fr

Nom du projet/Research team name :  COMORE

Unité de recherche/Research Unit :  Sophia-Antipolis

Thème INRIA/Research theme : Bio

Nom et prénom du chef de projet/Research team leader name : Gouzé Jean-Luc

Encadrant du stage/Intern tutor : Gouzé Jean-Luc

Titre du sujet du stage/Topic of the Internship:

Analyse mathématique et algorithmique de réseaux de régulation génétique Mathematical and computational analysis of genetic regulatory networks

Type de stage/Intern level : diplôme d'ingénieur-Engineering school / Mastère-Master's thesis / Doctorant - Doctorant graduate student engaged in a Ph'D.

Durée minimum du stage (en mois)/Internship duration (months) : 4 mois/ 4 months

Ce stage pourrait-il déboucher sur une thèse ou un post-doc ?/Possibility of a follow-up Ph.D or post-doc : oui-yes

Description du sujet du stage/Internship description (une dizaine de lignes/about ten lines) :

L' objectif est le développement de méthodes mathématiques, algorithmiques, ainsi que d'outils informatiques pour analyser la dynamique de réseaux de régulation génique. Le rôle du stagiaire  sera d'étudier le comportement dynamique des systèmes linéaires par morceaux (LPM) utilisés pour modéliser les réseaux de régulation génique. Il poursuivra les travaux entrepris en caractérisant les points d'équilibre et cycles limites des systèmes LPM, ainsi que leur stabilité. Basées sur les résultats de ces études mathématiques, des méthodes algorithmiques et informatiques pour l'analyse des réseaux de régulation génique seront développées. Ces méthodes seront implémentées et mises à l'épreuve dans l'étude des réseaux responsables de la régulation globale de la transcription chez les bactéries Escherichia coli et Synechocystis. On considèrera des approches par systèmes hybrides, et des approches faisant appel à la théorie du contrôle. __________________________________________________________________ The aim is to develop mathematical and computational methods, supported by computer tools, for analyzing the dynamics of genetic regulatory networks. The role of the intern  will be to study the dynamic behavior of piecewise-linear (PL) systems used for modeling genetic regulatory networks. He or she continues the work previously done by characterizing the equilibrium points and limit cycles of PL systems as well as their stability. Based on these mathematical results, computational methods for the analysis of genetic regulatory networks will be developed. The methods will be implemented and applied in the study of the networks underlying the global regulation of transcription in the bacteria Escherichia coli and Synechocystis. We will also use methods of hybrid systems theory, and control theory. see http://www.inrialpes.fr/helix/people/dejong/projects/aci03/bacattract-eng.html

Préciser les pré-requis nécessaires pour ce stage/Prerequisites :

bonnes notions d'analyse des systèmes dynamiques ainsi qu'une forte motivation à travailler sur des applications biologiques ____________________________________________________________________ applied mathematician or computer scientist with some background in computer algorithms and familiar with the analysis of dynamical systems. In addition, we expect a strong motivation to work on applications in genomics.